Illumina Complete Long Read测序技术简介
这项新技术将揭开最难测基因组的神秘面纱。Illumina Complete Long Reads有助于解析复杂的基因组区域，能够通过单一平台进行短读长和长读长测序，从而实现并简化长读长测序。
Illumina Complete Long Read技术将采用标准的新一代测序（NGS）工作流程和值得信赖的因美纳边合成边测序（SBS）化学技术，为一系列新颖、高性能的分析提供动力。
主要特点
易于获取且经济高效
NovaSeq平台可运行长读长测序和短读长测序。通过BaseSpace Sequence Hub上的云分析，轻松集成到标准的NGS工作流程中。
可靠灵活
DNA起始量低（50 ng），受污染物的影响较小，可多次反复冻融。生成N50为5-7 kb的连续长读长序列，仅需低至5 ng起始量。
可扩展的一体化工作流程
简单的文库制备工作流程，仅需一天即可完成，无需专用设备。使用NovaSeq X系列，每次运行可检测4个样本，每年最多可检测3000个WGS样本。
高准确度
由经过验证的因美纳SBS和BaseSpace Sequence Hub上的DRAGEN分析提供支持。通过PrecisionFDA Challenge v2测量，具有高准确度（99.87%）。
Illumina Complete Long Read技术的工作原理
使用酶切法片段化获得均一的长片段。对长片段进行“界标标记”以捕获单个分子、长读长信息，并扩增长片段。标记的片段进一步酶切生成标准文库，以供测序。标记的数据和未标记数据相结合，生成高度准确的完整长读长。
Illumina Complete Long Reads和PrecisionFDA Truth Challenge V2数据集
准确性的新标准
Illumina Complete Long Read Prep，Human通过PrecisionFDA Truth Challenge v2数据集为变异检出提供了前所未有的准确性1，以F1评分（%）衡量，该评分将计算真阳性和真阴性结果占总结果的比例。
- 基于出色且屡获殊荣的因美纳SBS+DRAGEN分析，准确性得以提高1-3
- 可用于扩展现有的WGS数据集，或作为反复检测工具更深入地探索变异
- 针对不同质量的样本，提供高度准确、可靠的结果
Illumina Complete Long Read产品
Illumina Complete Long Read Prep, Human
Illumina Complete Long Read Prep, Human是第一款基于Illumina Complete Long Reads技术的产品，专为人类全基因组测序（WGS）而设计。
Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment（2023年下半年推出）
除了全基因组分析外，因美纳长读长技术还与富集流程兼容。靶向解决方案将侧重于利用长读长获得已知区域更深入的见解。未来具有富集功能的Illumina Complete Long Read产品可以为经济高效的人类WGS创造更高的灵活性和可扩展性。
Illumina Complete Long Read技术
特色工作流程
提取
从血液或唾液中提取DNA，无需专门的实验方案，无需剪切，无需片段长度筛选
文库制备
在一天内即可制备文库，DNA起始量推荐使用50 ng，也可低至5 ng，使用标准实验室设备
测序
使用NovaSeq 6000系统或测序制备好的文库NovaSeq X系列
分析
使用DRAGEN Illumina Complete Long Read app在BaseSpace Sequence Hub上进行分析
长读长定相测序可实现明确的单倍型分配
Illumina Complete Long Reads能够解析高度多态的区域（如HLA-A基因）。HLA区域的均匀覆盖可实现HLA等位基因的准确定相。
长读长测序能够检测大片段缺失
Illumina Complete Long Reads和市场上的长读长技术都可清晰检测出SEMG1基因中180 bp的杂合子缺失。
长读长测序可解析假基因
Illumina Complete Long Reads和市场上的长读长技术均能够从假基因pSTRC中明确解析出23 kb的STRC基因。
长读长测序可以识别STR插入片段
Illumina Complete Long Reads和市场上的长读长技术都可明确地检测出短串联重复序列（STR）区域内的插入片段。
长读长测序可解析假基因
Illumina Complete Long Reads和市场上的长读长技术均能够从假基因SULT1A2中明确解析出SULT1A1基因（一种药物基因组学标志物）。
各种DNA起始量下均具有高质量性能
使用Illumina Complete Long Read Prep，Human，DNA起始量为5-1200 ng（一式三份）所获得的N50和相区块N50具有相似的数据质量。N50表示占总组装长度50%的最短contig（或相区块）的序列长度。
兼容值得信赖的因美纳测序系统
Illumina Complete Long Read技术可兼容NovaSeq X Plus、NovaSeq X和NovaSeq 6000测序系统，您能够在同一台仪器上获取长读长和短读长数据。
资源
长读长技术
这段来自ASHG 2022 CoLab演讲的录像视频介绍了我们全新长读长技术的优势，以及它如何与我们产品蓝图中的其他技术创新相辅相成。
因美纳长读长技术性能数据比较
Illumina Complete Long Read技术将帮助研究人员解决最难以绘制的基因组边缘区域。
参考文献
- PrecisionFDA. Truth Challenge V2: Calling Variants from Short and Long Reads in Difficult-to-Map Regions. precision.fda.gov/challenges/10
- Mehio R, Ruehle M, Catreux S, et al. DRAGEN Wins at PrecisionFDA Truth Challenge V2 Showcase Accuracy Gains from Alt-aware Mapping and Graph Reference Genomes. illumina.com/science/genomics-research/dragen-wins-precisionfdachallenge-showcase-accuracy-gains.html
- Illumina. Accuracy improvements in germline small variant calling with the DRAGEN Bio-IT Platform. illumina.com/content/dam/illumina/gcs/assembled-assets/marketing-literature/dragen-v4-accuracy-app-note-m-gl-01016/dragen-v4-accuracy-app-note-m-gl-01016.pdf