人类微生物组分析
人类微生物组分析简介
人类微生物组分析是对人体表面及体内微生物群落的研究。人类微生物组分析研究旨在了解微生物对健康和疾病的影响。新一代测序（NGS）促进了对整个微生物群落基因组的研究，包括那些无法培养的生物体的基因组。
以前，研究人类微生物组样本依赖于费时费力的微生物学技术，需要培养并分离单个生物，然后进行表型或基因型分析。这些旧方法无法在单个样本中进行微生物群落分析。
微生物转录组学或宏转录组学可提供重要的信息，帮助研究人员了解复杂样本中由一组生物体编码的表达RNA。高质量的宏转录组学数据让研究人员能够量化基因表达变化，预测患者对特定治疗的耐药性或敏感性，了解宿主-病原体免疫相互作用以及追踪疾病进展。
用于人类微生物组研究的新一代测序
新一代测序技术的出现促成了若干重大合作项目的开展，例如 人类微生物组计划，该计划以新一代测序技术作为基础工具，发表了大量有关人类微生物组的数据。
新一代测序方法使科学家能够无需培养即可鉴定和分类复杂的微生物群落。这些方法还可以加速在微生物组样本中发现新物种，并促进检测毒力基因和抗菌耐药性基因。
用于分析人体微生物组的实验性NGS方法包括：
鸟枪法宏基因组测序
- 一种DNA测序方法，能够对给定的复杂样本中存在的所有生物体的所有基因进行全面的检测。
16S rRNA测序
- 一种16S核糖体RNA基因测序方法，用于鉴定和比较给定样本中的细菌。
微生物宏转录组学
- 对复杂样本中的一组微生物编码的所有RNA进行分析。
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阅读技术说明
参考文献
- The Human Microbiome Consortium (2012) A framework for human microbiome research Nature 48: 215–221.
- Qin J, Li Y, Cai Z, Li S, Zhu J et al. (2012) A metagenome-wide association of gut microbiota in type 2 diabetes. Nature 490:55–60.
- Maurice CF, Haiser HJ, Turnbaugh PJ. (2013) Xenobiotics shape the physiology and gene expression of the active human gut microbiome. Cell 152:39–50.
- Karlsson FH, Tremaroli V, Nookaew I, Bergstrӧm G, Behre CJ, et al. (2013) Gut metagenome in European women with normal, impaired and diabetic glucose control. Nature 498:99–103.
- Penders J, Stobberingh EE, Savelkoul PH, Wolffs PE. (2013) The human microbiome as a reservoir of antimicrobial resistance. Front Microbiol 4:87.