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测序读长

什么是测序读长

什么是测序读长?

新一代测序(NGS)读长是指从一个DNA片段中测得的碱基对(bp)的数量。测序后,使用read之间的重叠区域对序列进行组装,比对read和参考基因组,重建完整的DNA序列。测序读长取决于NGS仪器上使用的测序试剂——更多的化学循环将产生更长的read。

为什么NGS读长很重要

为什么NGS读长很重要?

根据您的样本类型、应用和覆盖度需求选择合适的测序读长。由于长read可实现更多的序列重叠,它们可以更好的进行从头组装,更可靠地解决基因组的重复区域。对于其他应用,例如表达分析或计数研究,较短的read就已足够,而且比较长的read更划算。

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测序read选项

有两种测序read类型:单端和双端测序。单端测序是从一端到另一端对DNA片段进行测序。它非常适合小RNA测序等应用,是一种快速、经济的选择。

双端测序会在从一端读取DNA片段后,在另一端重新开始这个过程。除生成两倍的测序read之外,这种方法还能够更精确地比对read和检出结构重排。目前大多数研究人员都采用双端方法。

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文库制备试剂盒选择器

这个工具可为不同的方法和Illumina文库制备试剂盒提供推荐的读长。

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如何计算Illumina读长

所有Illumina测序试剂都具有一定数量的测序循环数。这些循环数与测序读长直接相关。每个循环会对一个碱基进行测序,所以循环的总数表示可测得的碱基的最大数量。您可以使用测序试剂来生成单个连续read,或者在两个方向上进行双端测序。(例如,300个循环的试剂盒可用于1 × 300 bp的单端测序运行或2 × 150 bp的双端测序运行。)  

DNA测序应用
应用推荐读长
全基因组测序 2 × 150 bp
全外显子组测序 2 × 150 bp
靶向富集测序 2 × 150 bp
扩增子测序整个扩增子插入片段的长度
从头测序  2 × 150至2 × 300 bp
RNA测序应用
应用推荐读长
转录组分析 2 × 75 bp
基因表达图谱分析 1 × 50 bp
小RNA测序 1 × 50 bp
新一代测序新手指南

想将新一代测序引入您的实验室,但又不确定从何开始?这些资源涵盖了NGS的核心主题,可以帮助您规划第一次实验。

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新一代测序新手指南
测序覆盖度计算器

该工具能帮助您估计测序覆盖度,包含适合您实验的推荐读长。

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NGS读长和覆盖度

覆盖深度是指比对到或"覆盖"测序样本每个碱基的平均测序read数。Lander/Waterman公式1是一种基于读长(L)、read数量(N)和单倍体基因组长度(G)计算覆盖度(C)的方法:C = LN / G

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确定RNA测序读长的考虑因素

确定RNA测序读长的考虑因素

不同的RNA-Seq实验类型对测序读长和测序深度有不同的要求。本公告回顾了读长和深度的考虑因素,并为规划实验提供了资源。

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面向新手的新一代测序

这些资源涵盖了针对新手设计的新一代测序的核心主题。

测序质量分值

测序质量分值是碱基检出不确定度或碱基检出错误的概率度量。

NGS实验设计和方案

查找注意事项和资源,助您规划第一次测序运行。

参考文献
  1. Lander ES, Waterman MS.Genomic mapping by fingerprinting random clones: a mathematical analysis.Genomics. 1988;2(3):231-239.