空间转录组学数据集

使用Illumina StrataMap Spatial解决方案探索空间转录组背景下的基因表达谱

空间转录组学演示数据集

该演示数据集展示了StrataMap Spatial 空间转录组解决方案如何在完整组织中定位基因表达发生的位置，并将分子数据与细胞背景大规模关联起来。

这些数据来自经StrataMap Spatial 空间转录组解决方案处理、使用NovaSeq™ X Plus测序仪测序并通过DRAGEN二级分析和Illumina Connected Multiomics进行分析的小鼠肾脏切片，展示了完整因美纳空间转录组解决方案的性能。

对于设计空间转录组实验的研究人员而言，这些数据为在运行前评估细胞分割准确性、基因检出深度和read比对质量提供了具体的参考依据。

Spatial transcriptomics data overview

实验详情

正常、新鲜冷冻小鼠肾脏
C57BL/6小鼠品系
8周龄雄性


10 µm切片
H&E染色
使用Keyence BZX-810荧光显微镜以20×成像
在因美纳空间转录组玻片上处理样本

使用NovaSeq™ X Plus测序仪测序
100循环，25B流动槽
1×130+8 bp读长

使用DRAGEN Spatial Transcriptome v1.1.6，通过Illumina Connected Analytics处理数据。在Illumina Connected Multiomics中处理数据，完成三级分析。

/ 结果

关键指标&
性能亮点

  • 已识别细胞数
    276,925
  • 平均测序条形码数/细胞
    18,977
  • 唯一转录本数中位数/细胞
    4152
  • 检出的基因总数
    38,115
  • 中位基因数/细胞
    1795
Key metrics &
performance highlights
 
 

探索完整数据集

深入了解概要指标之外的信息。申请Illumina Connected Multiomics演示，结合空间组学、单细胞组学、蛋白质组学等数据探索该小鼠肾脏数据集。

 
 

Cell segmentation specifications

 
  • Number of cells
    276,925
  • Unique transcripts in cells (%)
    74%
  • Mean sequencing barcodes per cell
    18,977
 

Spatial read mapping metrics

 
  • Total genes detected
    38,115
  • Reads mapped to spatial barcodes
    5,255,153,008
  • Sequencing saturation
    66%

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  • 细胞分割规格
  • 空间转录组基因表达和组织比对数据
  • 数据可视化和测序深度评估

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