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对于肾移植受者,一个更准确的定制护理计划

免疫诊断公司Verici Dx利用Illumina Connected Analytics中的AI工作流程进行移植预后

对于肾移植受者,一个更准确的定制护理计划
2022年4月1日

多年来,临床医生使用基因组学更好地指导治疗,实施个性化疗法。现在,位于美国田纳西州的免疫诊断试剂公司Verici Dx希望将个性化医疗的视角转向不同的领域:肾移植。

全世界每年有数以万计的患者接受肾移植——还有更多的患者在等待。但即使在器官移植后,排斥的风险也是不可预测的。目前,对于受者是否存在排斥移植高风险还缺乏精确测量,因此不确定受者是否需要更高剂量的药物来应对介导排斥的免疫系统。

临床医生通过测量尿液中的蛋白质浓度或血液中肌酐的分子水平,来预测肾移植的排斥反应。高肌酐或蛋白水平可能表明临床医生需要采取更具侵入性的方法,并对肾脏进行活检以评估损伤。但Verici Dx首席运营官Patti Connolly解释说,活检的需求并不总是与高蛋白或肌酐水平相关。“如果你对每个人进行活检,就会发现大约20%的人有排斥反应,但他们有来自尿蛋白或血清肌酐的正常信号。这些患者可能得不到治疗,排斥反应可能会慢慢积累,存在长期损害的风险。”

Verici Dx现在正在美国和欧洲的一项正在进行的临床试验中验证他们的技术——该技术采用人工智能来创建与损伤、排斥或移植失败相关的RNA特征。此试验招募了数百名患者,将验证测试性能,并将RNA特征与病理学结果进行比较,以支持为移植受者提供更准确和定制的护理计划。

Verici Dx开发的技术基于已故纽约西奈山医学院著名移植肾病学家Barbara Murphy博士带头的研究。从2008年到2015年,Murphy和她在美国和澳大利亚的合作者在一项临床试验中招募了近600名患者,研究他们的转录组,以寻找他们排斥肾移植的原因。这项研究通常被称为“GoCAR研究”(慢性肾同种异体移植排斥的基因组学),建立了一组参与免疫反应的基因,使用专有算法可以预测患者在肾移植后的表现。Connolly说,正是这些数据构成了Verici Dx分析训练样本集的基础。

Illumina NextSeq 2000。上图:Verici Dx首席执行官Sara Barrington(左)和首席运营官Patti Connolly | 照片: Jackie Osborne

在Verici Dx的试验中,临床医生在移植前后的不同时间点从肾移植患者身上采集血液样本,并使用Illumina NextSeq™ 2000分析他们的转录组。Verici Dx正在使用部署在亚马逊网络服务(AWS)云端的安全基因组数据平台Illumina Connected Analytics (ICA)来存储他们的RNA测序结果,处理测序数据,并使用他们的算法来解析数据集。Verici Dx首席执行官Sara Barrington说,在理解从临床试验中收集的大量数据方面,ICA绝对是必要的。

ICA使Verici Dx能够处理大型数据集,并在软件平台内跨样本运行机器学习算法。该算法有助于解析表明患者是否有高排斥风险的基因特征,从而为移植后的免疫抑制剂方案提供更有针对性的定制方法。Barrington解释说,测试结果最终有助于临床医生了解患者的免疫系统的侵袭性或良性,甚至在进行移植之前就可以了解。

Connolly说:“我们与因美纳合作的目标是为临床医生创造机会,让他们采用更加个性化的方法。”

未来,Barrington希望Verici Dx的预测能力可以完全不需要侵入性活检,因为血液样本将为患者的排斥状态提供充足的线索。Barrington表示:“重要的是我们技术的可操作数据。临床医生确实会将此功能添加到他们的工具带中,并[使用它]以及他们的临床判断和其他因素共同做出决策。”

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