分析甲基化芯片数据需要强大的工具，以确保获得准确且有意义的见解。多年来，为Illumina Infinium甲基化芯片开发了各种分析工具，从Illumina提供的软件到第三方Bioconductor软件包。这些工具在推动甲基化芯片应用和表观遗传学发现方面发挥了重要作用。
适用于BeadChip处理实验室
基于云的DRAGEN Array Methylation QC软件为Infinium甲基化芯片提供高通量和定量的控制指标报告。了解更多 关于用于确定数据质量的样本质量控制方法。
GenomeStudio Methylation Module 和 BeadArray Controls Reporter
GenomeStudio Methylation Module可用于甲基化BeadChip的基本质量控制。GenomeStudio中的控制仪表板用于可视化样本独立和样本依赖的控制，而BeadArray Controls Reporter（BACR）则提供控制的定量分析，以快速获得结果。
Illumina提供的Partek Flow提供交互式可视化、强大的统计分析以及对甲基化芯片数据的全面分析。用户友好的界面使各级别技能的研究人员都能充满信心地分析他们的数据。
| Illumina甲基化芯片质量控制软件 | Illumina下游分析软件 | |||
| DRAGEN Array Methylation QC |
BeadArray Controls Reporter | GenomeStudio Methylation Module |
Partek Flow | |
|---|---|---|---|---|
| 主要用途 | 针对质控检出进行优化，实现轻松分析 | 定量质量检查 | 可视化质量检查 | 多组学发现 |
| 部署 | 云端— 图形用户界面 |
本地—图形用户界面 | 本地—图形用户界面 | 云端—图形用户界面 客户托管—图形用户界面 |
| QC能力 | 21项定量控制指标 数据摘要和主成分分析（PCA）图 通过检测的比例（p值通过） |
21项定量控制指标 | 基于控制探针的控制图层次聚类 | Proportion p-value pass PCA control plots SVD |
| 分析能力 | 检测p值 β值 M值 |
无 | 检测p值 β值（不推荐） 差异甲基化（不推荐） |
检测p值 β值 M值 差异甲基化 |
| 价格 | 包含在芯片中， 需支付名义费用。 计算和存储的iCredit费用适用。 需要通过ICA基础*订阅访问BSSH。 |
无需付费，包含在芯片中。 从支持网站下载 。 |
无需付费，包含在芯片中。 从支持网站 下载 。 |
费用根据许可类型（实验室或企业）、 承诺年限以及所需 席位数量而有所不同。 |
* 推荐阈值和控制探针的可用性可能有所不同
SeSAMe为Infinium甲基化芯片提供从数据采集到分析的全流程数据分析，包括高级质量控制、更新的标准化技术、差异甲基化分析以及可视化功能。
以下视频教程系列由SeSAMe开发者Wanding Zhou领导的团队制作，为新用户提供逐步指导，帮助他们熟悉在SeSAMe上的数据分析：
在本视频中，您将学习如何安装SeSAMe来进行Infinium DNA methylation beadchip的数据分析。所有的脚本和链接均可以在 SeSAMe Installation Github页面获得。如果您的电脑还没有安装R，请在观看本视频之前安装。
本视频教程将向您展示如何将IDAT处理成DNA甲基化水平数据或beta值。本教程使用两个来自Gene Expression Omnibus或GEO的公共数据集。 您将学习如何读取信号强度数据，进行质量控制，评估结果等。
在本视频中，我们会介绍一些基于线性建模的框架，用于分析差异DNA甲基化。 您将学习如何加载软件包和数据，了解建模之前要考虑和检查的事项，以及如何执行线性建模，如何在获得检测结果之后调查生物学问题。
本视频教程将演示如何使用SeSAMe软件推断样本元数据。 这些元数据可以是性别、年龄、DNA拷贝数或细胞组分，或其他元数据。 本教程演示了各种推断，以帮助充分理解该过程。
查找更多信息和完整文档请访问SeSAMe Bioconductor 页面。
Minfi是由Kasper Hansen开发的用于甲基化数据分析的综合软件包。minfi的扩展包括RnBeads、ChAMP和wateRmelon。访问 minfi Bioconductor页面可以获取文档，包括用户指南和安装说明。为了进行基于minfi的甲基化芯片数据分析的深入实践培训，哥伦比亚大学提供了表观遗传学训练营。此外，使用450K数据的存档教程视频可以点击 此处获取，Kasper Hansen的介绍视频可以点击 此处获取。
哥伦比亚表观遗传学训练营 提供关于甲基化芯片数据分析技术的密集实践培训，并概述了在设计DNA甲基化研究时需要考虑的因素。