自从人类基因组计划完成以来,新一代测序(NGS)成本降低的速度已经大大超过了摩尔定律。通过不断的创新,Illumina为降低NGS的成本做出了贡献,实现了1000美元的人类基因组测序。
随着新一代测序成本的持续降低,Illumina正引领着行业的发展,促使NGS更经济实惠、更加普及。我们致力于帮助各种规模的实验室充分利用这项强大技术的潜力。利用这些资源,我们将指导您了解规划NGS预算时需要考虑的关键因素。
评估NGS成本时需考虑研究的样本量。一般而言,分析少量样本的少量靶点(<20)可以使用传统的方法,比如桑格测序或qPCR。NGS更适合超过20个目标区域或高样本量的测序。
NGS的探索能力更强,灵敏度更高,可以检测新的或罕见的变异。它提供了一种无假设的方法,不需要事先了解序列信息。这些见解对于探索发现和推动研究成果非常有用。
预估NGS成本时需考虑以下因素:
还需考量其他的实验设备,比如:
应用 | 每个样本的估算成本 | 实验参数 |
---|---|---|
靶向基因表达图谱 | 23美元 | 根据采用的运行计算每个样本的成本:
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16S宏基因组测序 | 18美元 | 根据采用的运行计算每个样本的成本:
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NGS数据储存与分析的成本是新手最常见的问题之一。有三个因素会影响您的数据分析预算:
计算成本会随着分析的测序数据量而变化。为了帮助您计算研究中NGS数据分析的成本,我们估算了常用方法生成的数据量。
应用 | 估算数据产出 |
---|---|
人类全基因组测序(30倍的覆盖度) | ~120 Gb |
人类外显子组测序(100倍的覆盖度) | ~8 Gb |
微生物全基因组测序 | ~300 Mb |
16S rRNA测序 | ~60 Mb |
1兆碱基(Mb)= 1,000,000碱基
1千兆碱基(Gb)= 1,000,000,000碱基
生成的数据量与实验的测序覆盖度水平有关。
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