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Illumina因美纳迎来Dragen两周年纪念日

我们致力于提供更准确的数据和更深层次的洞察,帮助客户探索新的问题并找到答案。

Illumina因美纳迎来Dragen两周年纪念日
2020年5月15日

今天是Illumina收购Edico Genome和DRAGEN™技术两周年的纪念日。在过去的两年中,所有新的功能开发、合作伙伴关系和进步都围绕着一个关键主题——我们始终如一的承诺为客户提供更多的价值。

将DRAGEN整合到Illumina产品家族后,我们有新的机会来接触一些最优秀的研究人员和科学家,同时装机量也不断增长,这使得我们能更快速地提升DRAGEN的功能性和准确性。两年过去了,我们兴奋地回顾了我们的成长历程,了解我们如何帮助客户研究新的问题,并让他们通过我们扩展的产品系列获得更有价值的数据。

提供更有价值的数据

我们致力于提供更准确的数据和更深层次的洞察,帮助客户探索新的问题并找到答案。

为此,DRAGEN开发团队一直致力于通过不断提高准确性、引入新的变异检出软件和工具,以及整合新的参数和报告来提升DRAGEN分析数据的价值。作为Illumina的一部分,我们可以将Illumina的经典工具和方法的精华整合到DRAGEN中,并能与全世界最顶级的生物信息学家合作,持续改进我们的方法,提供更精准的解决方案。下面我将详细介绍几个重点领域。

  • 体细胞变异检测准确性提升: DRAGEN Somatic流程是2019年的重点关注领域。最新发布的DRAGEN v3.5在灵敏度和精确度方面均有显著的提升,如下图所示。除了实体肿瘤准确性的增加,现在的DRAGEN还能更好地支持血液肿瘤,并且能处理更高的TiN(正常组织中的肿瘤组织)水平和更低的纯度。
  • RNA 融合检测: DRAGEN v3.5大幅提升了RNA融合检测的灵敏度和速度。为应对RNA-Seq融合检测的挑战,我们建立了一个包含153个样本的样本库,这些样本来自5个不同的代表真实应用的来源,具有经验证的或已知预期的融合。这些来源包括来自完整的RNA、富集细胞系、新鲜白血病样本和FFPE肉瘤的文库,153个样本中有223个预期的融合。

获得的改善如下图1所示:

DRAGEN的提升不仅体现在准确性和新功能上。去年秋天,我们宣布了与Broad研究所的一项新合作,将DRAGEN Germline Small Variant Caller迁移到Broad,整合到即将发布的DRAGEN-GATK 最优实践中。作为合作的一部分,我们将在GitHub上向所有用户提供非加速版的DRAGEN Mapper和DRAGEN Germline Small Variant Caller。我们合作的一个优势在于开源的DRAGEN-GATK最优实践与Illumina加速版的DRAGEN 生殖细胞变异检测流程产品之间达成的功能等同性。为什么这一点很重要?随着DRAGEN-GATK最优实践的发布,研究人员将能无缝地比较和组合使用开源版和Illumina提供的DRAGEN工具生成的数据,降低批次效应的风险。

尽管准确性和兼容性都很重要,但基因组数据的真正价值在于能够将数据融入整个应用环境中,以此来回答重要问题并促进新的发现。我们已经将DRAGEN整合到了多个端到端的应用特异性工作流程中,使研究人员能够将DRAGEN的输出结果无缝地推送到解读和报告工具中。

让寻找答案变得更简单

另一个重点领域是通过整合实现简洁性。作为Illumina产品系列的一部分,DRAGEN已与Illumina的测序仪、文库制备试剂盒及其全套软件整合,使研究人员实施和扩展工作流程变得更容易。这项工作的最终目标是使研究人员能够专注于科学和发现,而不是过程。

我们已经在多个关键领域完成了这一点:

  • 支持端到端应用: DRAGEN现已嵌入许多Illumina的特定应用的端到端工作流程,这些工作流程旨在提供优化的工作流程,帮助客户完成从样本到答案的过程。 以Illumina的TruSight Oncology 500 ctDNA为例,DRAGEN的集成可将周转时间从约9天缩短至20小时,同时能确保高数据准确性和可靠性。通过这些端到端的解决方案,研究人员可以无缝地将DRAGEN的输出结果推送到下游的解读工具中,找到他们所追寻的答案。
  • 与Illumina产品系列进行更深入的整合: DRAGEN已成为Illumina产品开发的核心部分,开始具有为匹配Illumina上游软件和文库制备试剂盒而优化的新功能和流程。我们还将全套DRAGEN流程整合到了BaseSpace Sequence Hub上,能让研究人员无缝地将数据上传到云端,以极低的单位样本成本进行一键式DRAGEN分析。另外,我们也将DRAGEN嵌入了新的 NextSeq™ 1000和NextSeq 2000测序仪中。
  • 简单便捷的应用程序,内置报告功能: 对于需要简单的数据分析方法的研究人员,我们现在通过BaseSpace Sequence Hub提供全套DRAGEN流程,许多流程包含内置的数据可视化和报告功能。BaseSpace中的DRAGEN应用程序简单,每个样本的成本低。DRAGEN Enrichment App程序是一个很好的示例。
  • 更全面的流程: Illumina最初发布的主要DRAGEN版本之一具有全面的、易于使用的DRAGEN Germline流程,该流程将CNV(拷贝数变异)、SV(结构变异)和重复序列延长检测纳入单一流程。从那时起,我们不断扩展和强化我们的流程,加入新的参数、变异检出软件和工具,以便为客户提供更全面的解决方案。

更好的获取性

每个实验室都有自己偏好的计算环境,无论是定制云端解决方案还是本地设置,现在都有可用的DRAGEN访问入口。2015年DRAGEN刚上市时,只能通过本地DRAGEN服务器访问。而现在,我们有5个访问入口,能让客户在他们选择的环境中利用DRAGEN的强大功能。随着今年晚些时候DRAGEN-GATK的完成,用户也可以在GitHub上使用开源的非加速版DRAGEN Germline流程进行小变异检出,而我们的访问入口也将达到6个。

总结一下,我们在下面列出了可用的访问入口。

  • DRAGEN服务器: 我们的DRAGEN服务器现已遍布全球,今年早些时候我们发布了新的DRAGEN v3服务器,而DRAGEN服务器仍然是我们最快的访问入口。
  • BaseSpace Sequence Hub上的DRAGEN: 对于寻求简单、经济的一键式解决方案的客户,我们现在通过BaseSpace Sequence Hub以非常低的单位样本成本(平均约5美元/基因组)提供所有DRAGEN流程。
  • NextSeq 2000上的DRAGEN:过去两年最令人振奋的进展之一或许就是DRAGEN与新NextSeq系统的集成,人们在能在测序仪上完成先进、高效、准确的分析。
  • 通过AWS Marketplace提供的DRAGEN:希望在自己的计算环境中运行DRAGEN的客户可以通过AWS Marketplace上的AMI(Amazon机器映像)运行DRAGEN。
  • DRAGEN API:DRAGEN环境家族的最新成员是DRAGEN API。需要自动化和高度灵活性的高级云用户可通过API使用DRAGEN,通过早期试用提供。

过去的两年非常精彩,我们期待着更好的未来。我们要感谢所有的客户、合作伙伴和合作者,感谢他们多年来为DRAGEN的成长和进步做出的贡献。

仅供研究使用

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