农业基因组学芯片

Barley 50K 联盟

Barley 50K 联盟芯片包含约 44,000 个 SNP，来自 170 份精选大麦种质的外显子捕获数据，覆盖欧洲广泛种质的遗传变异。该芯片由詹姆斯·哈顿研究所设计，参考最新发布的大麦假分子基因组组装。

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Barley 50K SNP 平台（詹姆斯·哈顿研究所）
大麦 50k iSelect SNP 芯片的开发与评估

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棉花 30K 芯片

Cotton 30K 芯片包含 27,349 个 SNP，可用于遗传多样性分析、遗传图谱构建、QTL 定位、候选基因发掘、分子标记辅助选择、基因组选择以及基因组序列组装。
该芯片取材于“国际棉花联盟”部分成果；联盟前期共开发 70,000 个标记，SNP 来源于陆地棉（Gossypium hirsutum）、海岛棉（G. barbadense）、毛棉（G. tomentosum）和黄褐棉（G. mustelinum），并少量覆盖长萼棉（G. longicalyx）和亚利桑那棉（G. armourianum）。种内 SNP 主要在以澳、美、印、中品种为主的陆地棉种质系中发现并验证。

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基于国际联盟协作的棉花 SNP 芯片研发

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豆类芯片

该芯片共约 30,000 个 SNP，其中扁豆和豌豆各 10,000 个，鹰嘴豆与白羽扇豆各 5,000 个。适用于基因组选择、群体遗传学、全基因组关联分析以及向全基因组的基因型推断。

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USDA 多物种芯片（适用于大麦、燕麦、大豆、小麦）

USDA 多物种芯片（又称小粒谷物芯片）为大麦、燕麦、大豆、小麦各提供约 3,000 个 SNP，可用于基因组选择、遗传多样性分析、指纹图谱构建、纯度评估/质控及基因型推断。芯片内容由美国农业部权威专家从大豆 6K、小麦 9K、大麦 50K 和燕麦 3K 等传统联盟芯片中精选而来。

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适用于小粒谷物分子育种的多物种、低成本、全基因组基因分型平台

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高粱联盟

高粱联盟芯片包含约5万个SNP，覆盖97%以上双色高粱基因，平均每隔13.5 kb就有一个SNP，可低成本检测全球高粱群体中的常见/稀有变异。芯片内容包括：双色高粱参考基因组约3.4万个基因、约8,500个育种相关SNP、约2.27万个外显子基因SNP、其余基因上下游5 kb内约4,200个SNP，以及权威专家额外指定的靶点。

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用于高粱生物能源开发、改良与利用的基因组资源

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小麦与大麦芯片

该芯片含约 40,000 个标记，适用于基因组选择、遗传多样性分析、DNA 指纹图谱、纯度评估/QC、基因型推断、标记辅助选择及性状定位。

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利用高密度 90,000 SNP 芯片表征多倍体小麦基因组多样性

全基因组比较多样性揭示六倍体小麦地方品种与栽培品种改良的多重选择靶点

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蜜蜂芯片

该芯片包含约7万个SNP，可用于蜜蜂全基因组关联分析。应用涵盖基因发现、遗传多样性分析、复杂性状全基因组关联研究及基因组选择。

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BovineHD 与 BovineSNP50 芯片

两款即用型 BeadChip 可检测任何牛品种的全基因组遗传变异。Illumina 联合多个联盟开发，SNP 位点涵盖三元血统：欧洲普通牛（Btt）、印度瘤牛（Bti）及其杂交群体，并兼顾温带与热带适应型品种。

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BovineHD BeadChip: 高密度全基因组分型，含 777,962 个均匀分布的 SNP，由 Illumina 与 USDA-ARS、UNCEIA-INRA、Pfizer Animal Genetics 及密苏里大学共同开发。.

BovineSNP50 BeadChip: 获奖产品，含 54,609 个信息丰富且均匀分布的 SNP，由 Illumina 与 USDA-ARS、USDA-MARC、密苏里大学及阿尔伯塔大学共同开发。

骆驼芯片

该芯片包含约 5.6 万个标记，适用于全基因组关联分析、基因组选择、群体遗传学、携带者筛查及亲子鉴定。

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犬芯片

该芯片包含约 17.2 万个标记，适用于全基因组关联分析（复杂性状）、单基因性状筛查、亲子鉴定、遗传多样性评估、品种纯度/成分分析及基因型推断。

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马芯片

该芯片包含约 7.6 万个 SNP，适用于基因组选择、亲子鉴定、遗传多样性分析、品种纯度/成分鉴定、全基因组基因型推断以及 SNP-to-STR 推断。

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山羊芯片

该芯片包含约 7.9 万个标记，适用于基因组选择、全基因组关联分析（复杂性状）、单基因性状筛查、亲子鉴定、遗传多样性评估、品种纯度/成分分析及基因型推断。

芯片由国际山羊基因组联盟（International Goat Genome Consortium）开发。SNP 发现阶段整合了多条数据：山羊基因组骨架 de novo 测序、NGS SNP 发现测序以及 EST 表达序列。山羊 SNP 借助表达序列与绵羊基因组数据进行注释，并在阿尔卑斯、安哥拉、波尔、克里奥尔、金澜、加姜、萨能、热带草原和斯科派洛斯等 10 个代表性品种中完成验证。社区已提供配套聚类文件，可快速自动化分析任意规模项目。该芯片还可作为基础内容，额外承载 3 万余个定制 SNP，用于个性化山羊基因分型阵列。

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52K 山羊 SNP 芯片的设计与特性描述

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绵羊芯片

该芯片包含约 5.2 万个标记，适用于全基因组关联分析（复杂性状）、单基因性状筛查、亲子鉴定、遗传多样性评估、基因组选择及基因型推断。

在绵羊产业中，核心种公羊（“公羊之父”）最为关键——它们产生的雄性后代被广泛用于整个行业。通过对数千只种公羊进行基因分型，研究人员可评估大量与经济重要性状相关的变异。为开发这款绵羊 BeadChip，Illumina 与国际绵羊基因组学联盟（ISGC）合作，联盟成员包括 AgResearch、贝勒大学、加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）以及澳大利亚联邦科学与工业研究组织（CSIRO）等顶尖研究机构。

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猪芯片

该芯片包含约 7.5 万个标记，适用于全基因组关联分析（复杂性状）、单基因性状筛查、亲子鉴定、遗传多样性评估、品种纯度/成分分析及基因型推断。

为开发这款猪用 BeadChip 芯片，Illumina 与国际猪 SNP 芯片联盟合作，联盟成员包括瓦赫宁根大学、丹麦农业科学研究所、USDA-ARS、USMARC、罗斯林研究所、伊利诺伊大学、爱荷华州立大学、INRA、密苏里大学和剑桥大学。

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