TruSeq Stranded mRNA + Ribo-Zero Bacteria

TruSeq Stranded mRNA + Ribo-Zero Bacteria

制备细菌转录组样品时,我们建议使用专为细菌设计的Ribo-Zero rRNA Removal Kit以及TruSeq stranded mRNA kit。
起始材料: 从1-5 ug总RNA开始RiboZero,然后将10-100 ng RiboZero产物用于TruSeq操作(请参阅用户指南中“Purify and Fragment mRNA”一节的第二点说明)。

LT HT

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* 文库制备与Illumina所有仪器兼容。建议仪器是根据所选应用的典型产量和分析需求选择的。
基于RNA图谱分析时每个样品有20M序列,转录组分析时每个样品有50M序列。FFPE或降解样品的序列数使用两次。
项目建议
物种兼容性 细菌
建议的Illumina仪器* NextSeq 500 HiSeq 2500 (双流动槽)
每次运行建议的样品数量 RNA图谱分析: 6–20
转录组分析: 2–8
RNA图谱分析: 30–200
转录组分析: 12–80
运行模式 中等产量 高产量 快速运行 高产量
建议的最长读长 2x75 bp 2x75 bp 2x75 bp 2x75 bp
建议的二次分析
  • TopHat Alignment BaseSpace App
  • Cufflinks Assembly & DE BaseSpace App
  • RNA Express v1.0 BaseSpace App
建议的下游分析
  • Genomatix Pathway
  • iPathway Guide