以低起始量样本扩展应用。新型RNA文库制备试剂盒具有简化的工作流程。

简介

2020年6月，因美纳推出了三款新的RNA文库制备试剂盒。Motoshige Yasuike博士的团队——日本渔业研究教育厅（FRA）渔业资源研究所渔业资源评估中心生物信息学和生物科学部分子功能分析小组，使用了Illumina Stranded mRNA Prep，Ligation，该试剂盒提供了更快、成本更低的文库制备工作流程，可以实现更快、起始量更低的样本分析。我们向Yasuike博士询问了选择该试剂盒的决定性因素以及他的用户体验。

Q：在研究中，您会将Illumina Stranded mRNA Prep, Ligation用于哪些应用？

A：我们主要进行转录组分析，整理重要渔业生物的基因组信息，从分子水平上了解它们的各种生理现象。日本拥有世界上最好的渔场，渔业产品种类繁多。因此，我们的目标物种非常广泛，不仅包括鱼类，还包括鱿鱼等头足纲动物、日本虎虾等甲壳纲动物、紫菜和裙带菜等海藻以及用于珍珠养殖的珍珠贝。我们使用这种适用于所有此类非模式生物的试剂盒进行基因分类和表达图谱分析（mRNA-Seq）。

Q：您为什么会选择Illumina Stranded mRNA Prep，Ligation？

A：之前我们使用的是TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit。与传统产品（TruSeq）相比，这款新产品的宣传特点为：

1. 推荐的最小总RNA量从100 ng更改为25 ng，扩大了可分析样本的范围，
2. 并且工作时间缩短了近40%。

因此，该产品一经发布，我们就立即改用了它。

Q：您能告诉我们您使用这款产品的感受以及您喜欢它的哪些方面吗？

A：实际上是我们的实验室助理进行了实验。由于她有一个正在上小学低年级的孩子，所以她通常每天工作6个小时（8:30到15:30）。当我们使用传统的TruSeq时，制备文库需要3天时间，但使用这种新产品时，即使算上缓冲时间，我们也可以在2天或更短时间内完成文库制备。因此，我们现在可以处理比以前更多的样本。说实话，我们的实验室助理在分子生物学实验方面毫无经验。但是，使用这款简化了工作流程的新产品后，她从第二次实验开始就能独自操作，并能获得稳定的结果。我认为，无论谁来做实验，都能获得稳定的结果，这在提高数据可靠性方面是一大优势。

Q：您对因美纳RNA测序产品（文库制备、测序、数据分析、存储和共享）的未来发展有何期望？

A：未来，我们不仅计划对实验室中现存的渔业生物进行RNA-Seq分析，还计划对从海洋和河流中采集的各种物种的天然样本进行RNA-Seq分析。其中，有些物种只能采集到极少量的组织。如果能够使用微量的总RNA样本（例如1 ng）进行分析，那么分析靶标的范围将大大扩展。此外，天然样本在船上难以进行解剖，其中一些可能保存不善。然而，这些可能是再也无法采集到的珍贵样本。因此，我们希望因美纳能开发出一种试剂盒，即使利用已经部分降解的非模式生物RNA，也能高效地制备文库。