Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment

高性能、快速、可靠的人类全外显子组测序解决方案,包括全面、最新的外显子组富集panel。

6.5小时

分析时间

约2小时

手动操作时间

50-1,000 ng高质量基因组DNA(如果直接使用血液和唾液样本,请参阅参考指南)

起始量

详情请参见规格表

概述

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment为人类全外显子组测序(WES)提供了一种经济、可靠的解决方案。该试剂盒提供:

  • 集中、全面覆盖——使用集中、全面且最新的panel,最大限度地提高测序结果,全面覆盖外显子组

  • 出色的富集性能——通过多重分析降低成本并提高样本通量,同时实现高中靶率和均一覆盖度

  • 快速、简化的工作流程——从DNA到文库制备、富集和富集后扩增仅需6.5小时,具有快速、用户友好的工作流程,包括内置的文库产量归一化和简化的杂交实验方案

  • 可选的线粒体基因组富集——通过插入panel轻松增加线粒体基因组覆盖度

  • 自动化友好型工作流程——通过我们的 合作伙伴寻找适用于各种自动化平台的方法

单一供应商提供的简化工作流程解决方案

这款全外显子组测序试剂盒包含文库制备试剂和杂交试剂、纯化/大小选择磁珠和标签。该试剂盒还包括Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel,可提高公共数据库中报告的变异的靶区覆盖度。 


性能参数


所需产品

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment试剂盒包括文库制备、富集、富集探针panel、纯化磁珠和标签接头试剂。如果愿意,请选择不同的标签集。 

Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel是可选的固定内容插入panel,可对线粒体DNA变异进行富集和测序。  

对于直接血液输入,需要使用Flex Lysis Reagent Kit。

Infinium MIDI Heatblock Insert适用于SciGene HybEx Microheating系统,是富集步骤所必需的。 

/

应用

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment是一款快速、全面的端到端全外显子组测序解决方案,支持从样本到报告的全程分析。

工作流程示例

1
制备

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment


项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
NextSeq 2000 System

Samples per run (by flow cell type): P2: 19, P3: 57 (based on 50× mean target coverage, 42M reads, 4.2 Gb of data)

2 × 101 bp

NovaSeq 6000 System

Samples per run by flow cell type: SP: 34, S1: 69, S2: 176, S4: 428 based on 50× mean target coverage, 42M reads, 4.2 Gb of data. Note: S4: 428 requires NovaSeq Xp workflow or additional indexes.

2 × 101 bp


相关应用和方法

比较

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment Illumina DNA Prep with Enrichment
Method Target Enrichment, Exome Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Exome Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Custom Sequencing
Specialized sample types Blood, Saliva Low-Input Samples, FFPE Tissue, Blood, Saliva
Variant class Germline variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants Germline variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants
作用机制 磁珠固化转座酶和杂交捕获化学技术 磁珠固化转座酶和杂交捕获化学技术
内容说明

37.5 Mb编码内容(≥99%的RefSeq、CCDS、ClinVar和ACMG致病/可能致病变异,COSMIC癌症基因普查内容),OMIM

外显子组:45 Mb外显子内容(≥ 98%的RefSeq、CCDS和Ensembl编码内容)。
定制:0.5-15 Mb目标基因组内容。
固定基因集panel:内容因panel而异。
分析时间 6.5小时 约6.5小时
在靶read 根据内部检测的平均性能,约为90% 外显子组panel≥85%(来自示例数据集的结果;实际性能可能有所不同)
均一性 基于内部测试的平均性能,均一性为≥91%(5 Gb、20x下的覆盖度%) ≥90%(4 Gb、20x下的覆盖度%;对于外显子组panel)
多重分析 对多达12重预富集文库混合池进行测试。试剂盒配置支持多达192个样本的多重分析。最多支持384个样本。 多达384个可用的唯一双标签。对多达12重预富集文库混合池进行测试。
手动操作时间 约2小时 约2小时
技术 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 DNA DNA
物种 Other, 人
系统 NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq X System, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq X System, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
说明 一种快速、易于使用的文库制备方法,具有富集工作流程,采用具有最新外显子组内容的聚焦富集探针panel,可实现经济高效、可靠的人类全外显子组测序。

在约6.5小时内,从低DNA起始量和各种样本类型中制备用于各种实验的测序文库,包括全外显子组、定制和固定panel靶向测序。 

起始量 50-1,000 ng高质量基因组DNA(如果直接使用血液和唾液样本,请参阅参考指南) 10 -1000 ng高质量基因组DNA或50-1000 ng FFPE DNA。(对于血液和唾液样本,请参阅参考指南)。

选择工具:

Exome 2.5 Panel性能提升

使用Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment和随附的1.5小时或16小时杂交时间的Exome 2.5 Panel或1.5小时杂交时间的Illumina Exome Panel(IEP,20020183)构建文库并进行富集。在NovaSeq 6000系统上对富集文库进行测序,并使用DRAGEN Enrichment App进行分析。

在计算机环境中实现高数据库目标覆盖率

将Exome 2.5 Panel和Exome Panel的平台文件与列出的公共数据库进行比较,确定并报告重叠百分比。

在公共数据库中出色地覆盖疾病相关变异

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment使用1.5小时(橙色)或16小时(蓝色)的杂交时间,在公共数据库中≥20×的靶标上显示出较高的平均覆盖度百分比。

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包括Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel,32 μL试剂,用于96个样本(8次杂交反应,每次反应12个样本)。该panel可与Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichment Kit中的Exome 2.0 Plus Panel搭配使用,用于从全基因组文库中同时富集人类外显子组和线粒体DNA。Mitochondrial Panel作为Exome 2.0 Plus Panel产品的配件出售。

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配套产品 (8)

Flex Lysis Reagent Kit (96 reactions)

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包含使用Illumina DNA Prep和Illumina DNA Prep with Enrichment处理血液样本的试剂。单独购买文库制备、富集、富集探针panel和标签接头试剂。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Infinium MIDI Heatblock Insert

BD-60-601

Nextera Flex for Enrichment杂交步骤所需的SciGene Hybex微型加热系统的加热插块。

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Illumina Purification Bead, 100mL

20060057

包含一个100 mL微珠容器,用于文库纯化和大小选择。单独购买文库制备和富集试剂、探针panel和标签。

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Illumina Purification Bead, 400mL

20060058

包含四个100 mL微珠容器,用于文库纯化和大小选择。单独购买文库制备和富集试剂、探针panel和标签。

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常见问题解答

是的,可以使用10-49 ng的gDNA起始量。但是,本实验方案不对最终的预富集文库产量进行均一化<50 ng,因此需要在富集前后对文库进行定量和均一化。

本方案已通过EDTA采集管中采集的新鲜血液进行了验证。可以使用其他抗凝剂,但使用此试剂盒时无法保证。

本实验方案已使用唾液(仅针对使用Oragene DNA唾液采集管采集的唾液)进行了验证。

Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel是可选的固定内容panel,用于覆盖线粒体基因组(chrM)的16,659个碱基对(bp)和37个基因,并允许线粒体DNA(mtDNA)变异的富集和测序。将此panel用作Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment实验方案中的插入panel,并将ChrM的覆盖度添加到您的实验中。

以前称为Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichment的产品现在称为Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment(货 号20077595和20077596)。外显子组panel寡核苷酸没有变化,但包含的标签已更新为 Illumina DNA/RNA UD Indexes。

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