2023年11月28日
安大略省癌症研究所（OICR）位于多伦多市中心，周围环绕着各大主要大学和医院，该研究所正致力于更好地了解肿瘤生物学并改善癌症治疗。
安大略省癌症研究所所长兼科学主任Laszlo Radvanyi博士说：“我们的目标是通过集思广益，在众多研究人员的努力下解决癌症领域棘手的大问题，并推动肿瘤学的新领域发展，确保研究所始终走在科学前沿。我们的独特之处在于，我们希望作为一个中心、一个促进者，将安大略省的研究人员、临床医生和研究所的力量汇聚在一起，共同解决癌症领域所面临的问题。”
精准医疗是其中的关键。Radvanyi和他的团队深知，每个患者的癌症都是独一无二的，要想有效治疗每个人，他们必须找出致病的基因变异，并据此量身定制治疗方案。
Radvanyi说：“我们的目标是实现高度转化。我们希望识别出有前景的发现和创新结果，实现向临床研究阶段的转化并促成新产品问世。我们还大力支持安大略省的初创生物技术公司应用这些创新成果，从而让这些工作能发挥相辅相成的效果。”
发现和临床护理
Bernard Lam博士是OICR转化基因组学实验室的副主任，该实验室拥有设备齐全的基因组测序设施，包括最近购置的两套代表最新新一代测序技术的高容量NovaSeq X Plus基因测序仪。不同于大多数基础研究机构，该实验室还通过为临床试验提供检测服务以支持患者护理。
Lam的实验室已经与安大略省多家机构建立合作，他说：“我们有一个明确的目标，那就是生成可用于基础研究或为患者提供定制药物的临床相关数据。我们的共同目标是以尽可能高的质量及时完成这项工作。我们的临床化验结果可以在几周内反馈。患者正在等待，我们的信息可以对他们的治疗决策起到指导作用。”
与OICR一街之隔的是OICR的合作机构之一——玛格丽特公主癌症中心（PMCC），这里的临床医生们正在奋力寻找帮助患者的新方法。Stephanie Lheureux医学博士是PMCC的临床研究员，主要研究妇科恶性肿瘤。在临床试验中，Lheureux借助OICR提供的全基因组和转录组数据来指导治疗和/或监测疾病进展。
Lheureux说：“现在我们可以将研究深入到分子水平，并真正区分对应于不同治疗方法的卵巢癌亚群，并且我们正在对子宫癌和宫颈癌开展相同的研究。这改变了我们的工作方式和治疗患者的方法，因为每种癌症的不同亚型对标准疗法的应答并不相同。”
Lheureux还参与了PMCC药物开发项目，该项目利用临床试验寻找标准化疗以外的选择。基因组分析提供了一层关键的信息，可以帮助我们识别刺激细胞生长或产生耐药性的变异。
Lheureux说：“OICR为我们提供了很大的帮助。在临床试验中，我们经常试图了解患者对治疗产生或不产生应答的原因。有时，我们不知道特定患者会产生怎样的应答；我们缺乏为我们提供指导的临床信息。基因组测序为我们提供了另一种工具，可以让我们对为什么患者可能从治疗中受益有新的认识。”
对速度的需求
基因组信息可用于临床护理——但前提是具有足够的及时性。癌症面前分秒必争。Lheureux说：“分子分析可以提供额外的信息，但如果获得结果的速度太慢，那也无济于事。只有及时获得结果才能真正地为治疗提供指导。”
幸运的是，当前的因美纳测序仪速度很快。十年前，HiSeq测序仪需要几天才能出结果。早期的NovaSeq基因测序仪把时间缩短到48小时。NovaSeq X Plus进一步把时间缩短到大约24小时。
Lam说：“第二天就能获取数据。在实验室配置两台NovaSeq X Plus的效果惊人，因为它相当于六台NovaSeq 6000。这些功能对我们的测序能力产生了立竿见影的影响。”
这些新增功能可能会改变基因组测序的经济效益。实验室通常会选择靶向测序。这种方法虽然省钱，但也可能遗漏一些重要信息，如仍可能影响癌症的非编码区。成本更低的新一代测序技术将开辟一个全新的应用领域。
Lam说：“我认为新的时代已经来临：我们可以对整个肿瘤基因组进行完全测序，从而为每一位患者提供辅助诊断。”
Lam对NovaSeq X的其他功能感到非常兴奋，例如NovaSeq X在容量和流动槽方面的提升，这对于群体研究尤其有帮助。OICR已加入希望马拉松癌症中心网络，并且将对数千名患者的基因组进行测序。这些数据将与其他生物标志物和临床数据相结合，推动新的决策算法，从而更好地选择治疗方法。
Lam说：“我们可以利用基因组学研究很多东西。我们还开展了一些项目，以携带驱动癌症发展的遗传基因的患者为对象，利用基因组学对这些患者进行终生监测，开发早期癌症检测工具，这样我们就能快速发现这些肿瘤并进行干预。我们正在努力让社区中的每个人都能受益。”
