ChIP-Seq(크로마틴 면역침전 시퀀싱)
ChIP-Seq이란?
ChIP 시퀀싱(ChIP-Seq)은 ChIP(크로마틴 면역침전 시퀀싱) 분석법과 시퀀싱을 결합함으로써 전사 인자와 기타 단백질에 대한 유전체 차원의 DNA 결합 부위를 식별하는 강력한 방법입니다. ChIP 프로토콜에 따라 DNA 결합 단백질은 특정 항체를 사용하여 면역 침전됩니다. 결합된 DNA는 공침, 정제되고 시퀀싱됩니다.
차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)을 ChIP에 적용한 결과 발달 및 암 진행과 같이 다양한 질병과 생물학적 경로에서 역할을 수행하는 유전자 조절 사건에 대한 인사이트를 밝혀냈습니다. ChIP-Seq을 통해 유전체 전체 규모에서 단백질과 핵산 사이의 상호 작용을 철저하게 조사할 수 있습니다.
ChIP-Seq의 장점
알려진 시퀀스에서 파생된 프로브가 필요하기 때문에, 본질적으로 편향적일 수밖에 없는 후성유전체 조사에 사용되는 어레이 및 기타 접근법과 달리 ChIP-Seq은 사전 지식이 필요하지 않습니다. ChIP-Seq은 대규모 병렬형 시퀀싱으로 유전체 전반에 걸친 프로파일링을 제공하여 비용 효과적이고 정밀하며 편향되지 않은 후성유전적 패턴 조사를 위해 여러 개의 샘플에서 수백만 개의 리드를 생성합니다. 추가적인 장점은 다음과 같습니다.
- 모든 유기체의 전체 유전체에 걸쳐 전사 인자 또는 히스톤 변형에 대한 DNA 표적 포착
- 전사 인자 결합 부위 정의
- RNA 시퀀싱 및 메틸레이션 분석을 통해 유전자 조절 네트워크 규명
- 다양한 사용량 DNA 샘플과의 호환성 제공
ChIP-Seq의 작동 원리
ChIP-Seq은 DNA 관련 단백질의 결합 부위를 식별하며, 해당 단백질에 대한 전체 결합 부위를 매핑하는 데 사용할 수 있습니다. ChIP-Seq은 일반적으로 DNA-단백질 복합체의 가교결합으로 시작합니다. 그런 다음 샘플은 절편화되고 엑소뉴클레아제로 처리되어 비결합 올리고뉴클레오티드를 트리밍합니다. 단백질 특이적 항체는 DNA-단백질 복합체를 면역 침전시키는 데 사용됩니다. DNA는 추출되고 시퀀싱되어 단백질 결합 부위의 고해상도 시퀀스를 제공합니다.
