RNA-Seq技术的优势

RNA-Seq的动态范围比芯片技术更宽、灵敏度也更高,可检测新型转录本

RNA-Seq与芯片技术比较

RNA测序(RNA-Seq)技术能够快速分析并深入研究任何物种的转录组。与基因表达研究中常用的传统技术——芯片分析相比,该方法拥有许多优势。

RNA-Seq Technology Overview

无偏好的新型转录本检测:与芯片不同,RNA-Seq技术不需要物种或转录本特异性探针。该技术可检测新型转录本、基因融合、单核苷酸变异、插入缺失(小片段插入和缺失)以及之前采用芯片无法检测的其他未知变化。1,2

动态范围更宽:使用芯片杂交技术时,基因表达测定受到背景噪音(下限)和信号饱和(上限)的限制。RNA-Seq技术通过离散的定量以及数字化的read读数提供了更宽的动态范围。 (>105 for RNA-Seq vs. 103 for arrays).1,2,3

特异性和灵敏度更高:与芯片相比,RNA-Seq技术的特异性和灵敏度更高,从而全面提升对基因、转录本以及其他差异表达的检测。4-6

轻松检测稀有和低丰度转录本:轻松提高测序覆盖深度以检测稀有转录本、每个细胞的单一转录本或弱表达基因。

从芯片技术过渡到RNA-Seq

从测序服务提供商的角度了解芯片与RNA-Seq技术的详细比较结果。

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“由于mRNA-Seq提供了较高的特异性,因此它比芯片更适用于检测转录本,特别是异构体。而且它在检测差异表达方面的灵敏度较高,可提供更大的动态范围。”

Steve McPhail
表达分析业务总裁兼首席执行官

在过去,对新一代测序(NGS)数据进行分析需要操作人员具备广泛的生物信息学专业知识,这是生物学家采用RNA测序技术的最大障碍。最新的用户友好型工具极大地简化了分析过程,可为所有研究人员提供便于使用的解决方案。

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台式RNA-Seq技术

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RNA Sequencing Considerations

Annika Sonntag博士和她的团队最初使用芯片来测定RNA表达,但他们同时也需要观察外显子特异性RNA表达。在对多种技术进行对比后,他们选择使用Illumina NGS进行基因表达研究。

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References
  1. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.
  2. Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.
  3. Zhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, and Ngo K, Liu X. Comparison of RNA-Seq and microarray in transcriptome profiling of activated T cells. PLoS One. 2014;16;9(1):e78644.
  4. Wang C, Gong B, Bushel PR, et al. The concordance between RNA-seq and microarray data depends on chemical treatment and transcript abundance. Nat Biotechnol. 2014;32:926–932.
  5. Li J, Hou R, Niu X, et al. Comparison of microarray and RNA-Seq analysis of mRNA expression in dermal mesenchymal stem cells. Biotechnol Lett. 2016;38:33–41.
  6. Liu Y, Morley M, Brandimarto J, et al. RNA-Seq identifies novel myocardial gene expression signatures of heart failure. Genomics. 2015;105:83–89.