RNA测序(RNA-Seq)技术能够快速分析并深入研究任何物种的转录组。与基因表达研究中常用的传统技术——芯片分析相比,该方法拥有许多优势。
无偏好的新型转录本检测:与芯片不同,RNA-Seq技术不需要物种或转录本特异性探针。该技术可检测新型转录本、基因融合、单核苷酸变异、插入缺失(小片段插入和缺失)以及之前采用芯片无法检测的其他未知变化。1,2
动态范围更宽:使用芯片杂交技术时,基因表达测定受到背景噪音(下限)和信号饱和(上限)的限制。RNA-Seq技术通过离散的定量以及数字化的read读数提供了更宽的动态范围。 (>105 for RNA-Seq vs. 103 for arrays).1,2,3
特异性和灵敏度更高:与芯片相比,RNA-Seq技术的特异性和灵敏度更高,从而全面提升对基因、转录本以及其他差异表达的检测。4-6
轻松检测稀有和低丰度转录本:轻松提高测序覆盖深度以检测稀有转录本、每个细胞的单一转录本或弱表达基因。
从测序服务提供商的角度了解芯片与RNA-Seq技术的详细比较结果。
“由于mRNA-Seq提供了较高的特异性,因此它比芯片更适用于检测转录本,特别是异构体。而且它在检测差异表达方面的灵敏度较高,可提供更大的动态范围。”
在过去,对新一代测序(NGS)数据进行分析需要操作人员具备广泛的生物信息学专业知识,这是生物学家采用RNA测序技术的最大障碍。最新的用户友好型工具极大地简化了分析过程,可为所有研究人员提供便于使用的解决方案。
NextSeq 2000系统为RNA-Seq提供了可扩展的方法,灵敏度和准确性均优于传统芯片。
过去几年,对全新RNA测序与基因表达芯片的NIH资助逐渐倾向于RNA-Seq技术,目前已占据主导地位。下载我们的转录组学电子书查阅佐证。
本电子书介绍了NGS如何推动基因表达研究,其中一章介绍了RNA-Seq相较于芯片技术的优势。
Annika Sonntag博士和她的团队最初使用芯片来测定RNA表达,但他们同时也需要观察外显子特异性RNA表达。在对多种技术进行对比后,他们选择使用Illumina NGS进行基因表达研究。