RNA-Seq技术概述
RNA测序（RNA-Seq）技术能够快速分析并深入研究任何物种的转录组。与基因表达研究中常用的传统技术——芯片分析相比，该方法拥有许多优势。
RNA-Seq对比芯片技术的优势
无偏好的新型转录本检测:与芯片不同，RNA-Seq技术不需要物种或转录本特异性探针。该技术可检测新型转录本、基因融合、单核苷酸变异、插入缺失（小片段插入和缺失）以及之前采用芯片无法检测的其他未知变化。1,2
动态范围更宽:使用芯片杂交技术时，基因表达测定受到背景噪音（下限）和信号饱和（上限）的限制。RNA-Seq技术通过离散的定量以及数字化的read读数提供了更宽的动态范围。 (>105 for RNA-Seq vs. 103 for arrays).1,2,3
特异性和灵敏度更高:与芯片相比，RNA-Seq技术的特异性和灵敏度更高，从而全面提升对基因、转录本以及其他差异表达的检测。4-6
轻松检测稀有和低丰度转录本:轻松提高测序覆盖深度以检测稀有转录本、每个细胞的单一转录本或弱表达基因。
从芯片技术过渡到RNA-Seq
从测序服务提供商的角度了解芯片与RNA-Seq技术的详细比较结果。
“由于mRNA-Seq提供了较高的特异性，因此它比芯片更适用于检测转录本，特别是异构体。而且它在检测差异表达方面的灵敏度较高，可提供更大的动态范围。”
Steve McPhail
表达分析业务总裁兼首席执行官
用户友好的数据分析工具
在过去，对新一代测序（NGS）数据进行分析需要操作人员具备广泛的生物信息学专业知识，这是生物学家采用RNA测序技术的最大障碍。最新的用户友好型工具极大地简化了分析过程，可为所有研究人员提供便于使用的解决方案。
台式RNA-Seq技术
NextSeq 2000系统为RNA-Seq提供了可扩展的方法，灵敏度和准确性均优于传统芯片。
RNA-Seq资助超过芯片资助
过去几年，对全新RNA测序与基因表达芯片的NIH资助逐渐倾向于RNA-Seq技术，目前已占据主导地位。下载我们的转录组学电子书查阅佐证。
促进转录组学研究
本电子书介绍了NGS如何推动基因表达研究，其中一章介绍了RNA-Seq相较于芯片技术的优势。
从芯片到用于基因表达研究的RNA-Seq
Annika Sonntag博士和她的团队最初使用芯片来测定RNA表达，但他们同时也需要观察外显子特异性RNA表达。在对多种技术进行对比后，他们选择使用Illumina NGS进行基因表达研究。
References
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.
- Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.
- Zhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, and Ngo K, Liu X. Comparison of RNA-Seq and microarray in transcriptome profiling of activated T cells. PLoS One. 2014;16;9(1):e78644.
- Wang C, Gong B, Bushel PR, et al. The concordance between RNA-seq and microarray data depends on chemical treatment and transcript abundance. Nat Biotechnol. 2014;32:926–932.
- Li J, Hou R, Niu X, et al. Comparison of microarray and RNA-Seq analysis of mRNA expression in dermal mesenchymal stem cells. Biotechnol Lett. 2016;38:33–41.
- Liu Y, Morley M, Brandimarto J, et al. RNA-Seq identifies novel myocardial gene expression signatures of heart failure. Genomics. 2015;105:83–89.