MiSeq i100系列试剂盒
MiSeq i100 系列试剂采用即用型卡盒设计，并提供多种流动槽配置，带来灵活的测序选择。
Illumina Rapid Total RNA Prep是因美纳产品系列中速度最快、操作最简单的RNA-Seq文库制备解决方案。此方案采用一体化的30分钟单管反应，将cDNA合成与链接磁珠转座酶相结合。这一快速工作流程支持低起始量的RNA样本（1–1000 ng），并可提供高准确度的非链全转录组数据。
Illumina Rapid Total RNA Prep
用于全转录组分析的快速、简单的总RNA文库制备流程，将cDNA合成和接头标记结合到一个步骤中
3.5 hr
分析时间
＜1.5小时
手动操作时间
1–1000 ng RNA或10–1000 ng FFPE RNA
起始量
主要特点
快速、简化的文库制备
整个简化工作流程（包括rRNA去除和PCR步骤）仅需3.5小时即可生成可供测序的总RNA文库。
经过优化的性能
在单一反应中去除多个物种的原核和真核核糖体RNA（rRNA）和珠蛋白RNA，以便进行丰富的转录组分析。
从低起始量样本中获取高质量数据
从低至1 ng的高质量RNA或10 ng FFPE* RNA中即可获得可重复的结果，同时实现均匀覆盖。
*FFPE，福尔马林固定、石蜡包埋样本。
性能参数
| 分析时间 | 3.5小时 |
|---|---|
| 自动化功能 | ⾃动化⼯作站 |
| 说明 | 用全转录组分析的快速简便工作流程。 |
| 手动操作时间 | ＜1.5小时 |
| 起始量 | 1–1000 ng RNA或10–1000 ng FFPE RNA |
| 系统 | NextSeq 550测序仪, NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, NextSeq 550Dx测序仪下的科研模式, NovaSeq X测序仪, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪, MiSeq i100 Plus系统, MiSeq i100系统 |
| 方法 | 全转录组测序, 宏转录组测序 |
| 核酸类型 | RNA |
| 特殊的样本类型 | 微生物组样本, 低起始量样本, FFPE组织 |
| 物种 | 小鼠, 人, 大鼠, 细菌 |
| 物种详情 | 更适合具有完善注释基因组的生物体；Ribo-Zero Plus可去除来自多个物种的高丰度转录本，包括：人类细胞质和线粒体rRNA、小鼠rRNA、大鼠rRNA、细菌（大肠杆菌和枯草芽孢杆菌）rRNA和人类β珠蛋白转录本；Ribo-Zero Plus Microbiome可去除来自多个物种的高丰度转录本，包括：Ribo-Zero Plus中经去除的转录本以及各种微生物物种和ATCC MSA-2002、MSA-2005和MSA-2006。可通过在RiboZero Plus试剂盒中掺入定制的rRNA探针设计，实现对其他物种的支持。 |
| 链特异性 | 非链 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 新型转录本, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV） |
需要的产品
完整的Illumina Rapid Total RNA Prep工作流程需要Rapid RNA文库制备试剂、Ribo-Zero Plus rRNA去除试剂盒和标签序列（均单独出售）：
- Illumina Rapid RNA Prep：包含文库制备试剂（96样本或16样本试剂盒可选）
- Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit或Ribo-Zero Plus Microbiome Depletion Kit：包含用于去除高丰度RNA的试剂（可提供96样本或16样本试剂盒）
- Illumina DNA/RNA UD Index Set, Tagmentation：每组96标签序列可支持标签标记96样本
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结果
应用
Illumina Rapid Total RNA Prep能够在3.5小时内完成测序级总RNA-Seq文库的制备，用于全转录组分析，手动操作时间不到1.5小时。
工作流程示例
文库制备
Illumina Rapid Total RNA Prep
计划推荐
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| MiSeq i100 Plus系统 | 每次运行的样本（50M个簇/样本）：50M：1，100M：1–2 （25M个簇/样本）50M：2，100M：4 |
1 × 100 bp，或2 × 50 bp，用于100循环试剂盒 |
| NextSeq 2000测序仪 | 每次运行的样本（50M个簇/样本）：P1：2，P2：8，P3：24，P4：36 （25M个簇/样本）P1：4，P2：16，P3：48，P4：72 |
1 × 100 bp，或2 × 50 bp，用于100循环试剂盒 |
| NovaSeq X测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 | 每个流动槽的样本（50M个簇/样本）：1.5B：~30，5B：~100，10B：~200，25B： ~520 |
1 × 100 bp，或2 × 50 bp，用于100循环试剂盒 |
相关应用和方法
比较
| Illumina Rapid Total RNA Prep | Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome | |
|---|---|---|
| 分析时间 | 3.5小时 | 约7小时 |
| 自动化功能 | ⾃动化⼯作站 | ⾃动化⼯作站 |
| 说明 | 用全转录组分析的快速简便工作流程。 | 用于从低RNA起始量和低质量样本制备全转录组测序文库，支持多种RNA-Seq应用。包括Ribo-Zero Plus，用于单管去除来自多个物种的rRNA和珠蛋白RNA，以便进行丰富的转录组分析。 |
| 手动操作时间 | ＜1.5小时 | ＜3小时 |
| 起始量 | 1–1000 ng RNA或10–1000 ng FFPE RNA | 标准质量RNA样本为1–1000 ng总RNA。建议至少10 ng总RNA，以获得最佳性能和FFPE样本 |
| 系统 | NextSeq 550测序仪, NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, NextSeq 550Dx测序仪下的科研模式, NovaSeq X测序仪, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪, MiSeq i100 Plus系统, MiSeq i100系统 | NextSeq 550测序仪, NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, NovaSeq X测序仪, NextSeq 500测序仪, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 |
| 方法 | 全转录组测序, 宏转录组测序 | 全转录组测序, 宏转录组测序 |
| 核酸类型 | RNA | RNA |
| 特殊的样本类型 | 微生物组样本, 低起始量样本, FFPE组织 | 微生物组样本, 低起始量样本, FFPE组织 |
| 物种 | 小鼠, 人, 大鼠, 细菌 | 小鼠, 人, 大鼠, 细菌 |
| 物种详情 | 更适合具有完善注释基因组的生物体；Ribo-Zero Plus可去除来自多个物种的高丰度转录本，包括：人类细胞质和线粒体rRNA、小鼠rRNA、大鼠rRNA、细菌（大肠杆菌和枯草芽孢杆菌）rRNA和人类β珠蛋白转录本；Ribo-Zero Plus Microbiome可去除来自多个物种的高丰度转录本，包括：Ribo-Zero Plus中经去除的转录本以及各种微生物物种和ATCC MSA-2002、MSA-2005和MSA-2006。可通过在RiboZero Plus试剂盒中掺入定制的rRNA探针设计，实现对其他物种的支持。 | Ribo-Zero Plus可去除多个物种的大量转录本，包括：人类细胞质和线粒体rRNA、小鼠rRNA、大鼠rRNA、细菌（大肠杆菌和枯草芽孢杆菌）rRNA以及人类β珠蛋白转录本 Ribo-Zero Plus Microbiome去除了多个物种的大量转录本，包括：在Ribo-Zero Plus中去除的转录本以及多种微生物物种和ATCC MSA-2002, MSA-2005和MSA-2006 |
| 链特异性 | 非链 | 链状 |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 新型转录本, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV） | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 |
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数据图
使用Ribo-Zero Plus有效去除rRNA
以下经去除（Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit）与未去除样本中，比对至高丰度RNA的read占总read的百分比：10 ng血液RNA、10 ng通用人类参考（UHR）RNA和10 ng通用人脑参考（UHBR）RNA。
使用Ribo-Zero Plus有效去除珠蛋白RNA
珠蛋白基因的归一化每百万转录本数（TPM）：针对10 ng经去除（Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit）和未去除通用人类参考（UHR）RNA检测HBA1/HBA2（α）、HBB（β）和HBG1/HBG2（γ）的表达。HBG1/HBG2是胎儿特异性基因，预计不会在UHR样本中表达。
Illumina Rapid Total RNA Prep可实现高文库复杂性
源自1 ng、10 ng和100 ng通用人类参考（UHR）RNA的Illumina Rapid Total RNA Prep数据显示，在向下采样至1M-50M簇（2M-100M双端read）的测序深度范围内，检测到的唯一基因的数量（≥ 5个映射读取）。
使用Illumina Rapid Total RNA Prep实现高比对效率
Illumina Rapid Total RNA Prep数据显示，在以下不同起始量下均保持高比例的映射读取：1 ng、10 ng和100 ng的通用人脑参考（UHBR）RNA和通用人类参考（UHR）RNA。
使用Illumina Rapid Total RNA Prep实现转录本的均匀覆盖
Illumina Rapid Total RNA Prep数据显示，在以下不同RNA起始量下沿转录本长度分布均保持一致的归一化覆盖度：1 ng、10 ng和100 ng的通用人脑参考（UHBR）RNA和通用人类参考（UHR）RNA。
高和低RNA起始量的高可重复性
Illumina Rapid Total RNA Prep显示1 ng和100 ng起始量之间归一化基因计数的高度相关性（R2 = 0.99）。每百万转录本数（TPM）由DRAGEN RNA v4.4生成。
相关资源
文库制备 (5)
Illumina Rapid RNA Prep, (S) Tagmentation（96样本）
20158824
包括使用因美纳纯化磁珠制备Rapid RNA文库的96个样本的试剂。UD标签序列单独出售。兼容mRNA Capture Kit（用于完整的mRNA文库制备工作流程）、RiboZero Plus Kit（用于完整的总RNA文库制备工作流程）或RNA Fast Hyb Enrichment Kit（用于完整的RNA富集工作流程），以上均需单独购买。
List Price:
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Illumina Rapid RNA Prep, (S) Tagmentation（16样本）
20158823
包括使用因美纳纯化磁珠制备Rapid RNA文库的16个样本的试剂。UD标签序列单独出售。兼容mRNA Capture Kit（用于Rapid mRNA文库制备工作流程）、RiboZero Plus Kit（用于Rapid Total RNA文库制备工作流程）或Fast Hyb Enrichment Kit（用于Rapid RNA Enrichment文库制备流程），以上均需单独购买。
List Price:
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Illumina Ribo-Zero plus rRNA Depletion Kit（96样本）
20037135
包括Ribo-Zero Plus去除模块，用于去除96个样本的人类、小鼠、大鼠以及细菌和珠蛋白转录本中的核糖体RNA。单独购买纯化磁珠、文库制备试剂和标签接头。如需完整的试剂盒，包括文库制备试剂，请订购Illumina Stranded Total RNA with Ribo-Zero Plus试剂盒。
List Price:
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Illumina® Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit (16样本)
20040526
包括Ribo-Zero Plus去除模块，用于去除96个样本的人类、小鼠、大鼠以及细菌和珠蛋白转录本中的核糖体RNA。单独购买纯化磁珠、文库制备试剂和标签接头。如需完整的试剂盒，包括文库制备试剂，请订购Illumina Stranded Total RNA with Ribo-Zero Plus试剂盒。
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Illumina® Ribo-Zero Plus rRNA Microbiome depletion kit (96 Samples)
20072062
包括Ribo-Zero Plus Microbiome去除模块，用于去除Ribo-Zero Plus试剂盒中96个样本中常见的微生物组和靶标中不同细菌的核糖体RNA。如需包括文库制备试剂在内的完整试剂盒，请订购Illumina Stranded Total RNA with Ribo-Zero Plus Microbiome试剂盒。
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标签接头 (4)
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation（96标签，96样本）
20091654
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96标签, 96样本)
20091656
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96标签, 96样本)
20091658
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96标签, 96样本)
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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
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配套产品 (3)
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因美纳纯化磁珠，30 mL
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Illumin纯化磁珠, 100mL
20060057
包含一个100 mL微珠容器，用于文库纯化和大小选择。单独购买文库制备和富集试剂、探针panel和标签。
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Illumina纯化磁珠, 400mL
20060058
包含四个100 mL微珠容器，用于文库纯化和大小选择。单独购买文库制备和富集试剂、探针panel和标签。
List Price:
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常见问题解答
第1步：使用Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit去除高丰度RNA
第2步：Illumina Rapid RNA Prep将cDNA合成与链接磁珠转座酶结合在单管30分钟反应中
第3步：PCR添加标签序列接头
第4步：使用随附的因美纳纯化磁珠进行纯化
Illumina Rapid RNA Prep可提供96样本和16样本配置。Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit也可提供96样本或16样本配置。
这两种方法都是从使用Ribo-Zero Plus去除高丰度RNA开始。然后，Illumina Rapid Total RNA Prep将采用酶法片段化生成非链状文库（总工作流程时间3.5小时，手动操作时间< 1.5小时），而Illumina Stranded Total RNA Prep则通过连接生成链状文库（总工作流程时间7小时，手动操作时间< 3小时）。
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结果
NextSeq 1000/1000-CN和NextSeq 2000/2000-CN试剂盒
用于NextSeq 1000/2000系列基因测序仪的试剂盒，具有简便易用的卡盒和多种流动槽配置，可提供灵活的测序选项。
NovaSeq X 系列试剂盒
NovaSeq X 系列试剂盒包括试剂卡盒、缓冲液卡盒、流动槽、冻干插片、预载缓冲液和文库联管。
Illumina Rapid RNA Prep with Exome 2.5 Enrichment
用于RNA外显子组分析的快速、简单的文库制备工作流程，可将cDNA合成和接头标记结合到一个步骤中。
Illumina Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit
单独的试剂盒，用于去除人类、小鼠、大鼠和细菌样本中的核糖体RNA和人珠蛋白mRNA。
Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit
从复杂的微生物样本（例如：粪便）中快速、高效地去除不需要的宿主和泛细菌rRNA，以便进行宏转录组学研究。
TruSeq Stranded Total RNA
可靠的、扩展自如的全转录组分析（RNA-Seq）解决方案适用于各种物种与样本类型，包括人类、小鼠与福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本。
Illumina Rapid RNA Prep with Enrichment
快速、简单的RNA-Seq文库制备工作流程，具有定制富集功能，可将cDNA合成和接头标记结合到一个步骤中。
Illumina Rapid mRNA Prep
用于编码转录组分析的快速、简单的mRNA文库制备工作流程，可将cDNA合成和接头标记结合到一个步骤中
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