对于拥有内部生物信息学经验的实验室而言,构建还是购买的问题是一个长期的两难选择。由内部专家构建的自制系统不一定拥有流畅的用户体验,实验室人员使用起来可能有困难。此外,针对某一特定需求构建的信息学工具可能无法满足日益变化的实验室需求。
基因组学,特别是新一代测序(NGS)需要快速的时间表和扩展的工作流程,因此需要一种可配置为满足实验室特定需求的工具。现有多种专门针对NGS设计的商业实验室信息管理系统(LIMS),实验室更倾向于购买现成的信息学工具而不是自己构建。
从权威供应商处购买现成生物学工具,还是自建自定义的系统,实验室通常会权衡两者之间的利弊做出最终选择。自行开发系统的成本往往高于购买LIMS的成本,而以用户为中心开发的商业软件通常更易于工作人员使用。
许多实验室认为,如果能找到满足大部分需求、且能灵活地自定义系统配置、很好地支持实验室应用的LIMS,购买则是对资源的更好利用。了解一下最近选择购买LIMS系统的实验室的经验。
阅读文章BaseSpace Clarity LIMS是我们的实验室信息管理系统。专为基因组学实验室设计,并针对NGS进行了优化。BaseSpace Clarity LIMS可与仪器整合,帮助实验室追踪和管理样本,并简化实验室的整体操作。与复杂的自建系统相比,BaseSpace Clarity LIMS在设计时充分考虑了终端用户的感受,便于实验室人员更迅速地掌握操作方法。
查看产品自建分析应用程序的过程可能十分复杂且耗时,而且还需要掌握大量的生物信息学知识。选择自建可能会开发出完全符合自己需求的软件,但随时可用的工具可为生物信息学专家提供更容易的选择,并省去了前期开发时间。
Illumina提供多款用户友好型数据分析工具,例如BaseSpace Sequence Hub,这些工具是由Illumina开发或是从不断增长的第三方应用程序供应商生态系统中选择的应用程序。
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