产品

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2

用于研究50种与癌症具有已知关联的基因热点区域的靶向研究panel。

5小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间）

分析时间

< 1.5小时

手动操作时间

1–100 ng（建议每个混池10 ng）

起始量

详情请参见规格表

概览

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2是一款靶向重测序分析套装，用于研究50个基因的热点区域体细胞突变，癌症体细胞突变目录（COSMIC）1数据库已确认这些基因与癌症有关联。  

主要特点

  • 相关基因内容 - 在50个癌基因和抑癌基因中靶定约2800个COSMIC突变

  • 快速的一体化工作流程 - 可在一天内使用量低至1 ng的高质量样本或10 ng福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的样本制备直接测序的文库

  • 准确的数据 - 使用本地或云端分析方法检测变异等位基因频率低至5%的体细胞突变

Cancer HotSpot Panel是集成工作流程的一部分，该工作流程包括基于AmpliSeq for Illumina聚合酶链式反应（PCR）的文库制备、采用Illumina边合成边测序（SBS）的新一代测序（NGS）技术以及自动化分析过程。

这种panel能够对肺癌、结肠癌、乳腺癌、卵巢癌、黑色素瘤及前列腺癌等多种癌症类型实现高灵敏的变异检测。即用型panel助您节省鉴定目标基因、设计引物和优化panel所需的时间和精力。

深入了解AmpliSeq for Illumina

规格

Cancer type Pan-Cancer, Solid Tumor
Method Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing
Specialized sample types FFPE Tissue
Variant class Insertions-deletions (indels), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants
作用机制 多重PCR
内容说明 50种与癌症具有已知关联的基因的热点区域
分析时间 5小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间）
多重分析 96个双标签序列组合
手动操作时间 < 1.5小时
扩增子数 共207个。1个混合池。
技术 Illumina测序
核酸类型 DNA
物种 人
系统 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System
说明 针对50个癌症相关基因的热点区域的体细胞分析研究。
起始量 1–100 ng（建议每个混池10 ng）

所需产品

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel工作流程需要使用Cancer Hotspot Panel、Library PLUS试剂盒和标签接头。

/

应用

工作流程示例

1
制备

AmpliSeq for Illumina Cancer HotSpot Panel v2

2
测序
3
分析

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
iSeq 100 System

16 samples per run (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp
MiniSeq System

Samples per run: mid output: 32, high output: 96 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp
MiSeq System

Samples per run (by reagent kit version): v2 nano: 4, v2 micro: 16, v2: 60, v3: 96 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

相关应用和方法

靶向重测序

通过定向重测序，可以将一个基因子集或基因组区域分离出来并进行测序，从而节省实验室资源。

文库制备和芯片试剂盒选择器

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癌症基因组学研究

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文档

产品资料
Support documentation

比较

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 TruSight Tumor 15
Cancer type Pan-Cancer, Solid Tumor Solid Tumor Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor
Method Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing
Specialized sample types FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue
Variant class Insertions-deletions (indels), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants Gene fusions, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants Gene fusions, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants Insertions-deletions (indels), Somatic variants
作用机制 多重PCR 多重PCR 多重PCR
内容说明 50种与癌症具有已知关联的基因的热点区域 52个癌基因的DNA和RNA靶点 161个癌基因的DNA和RNA靶点 从15个实体瘤相关基因中扩增250个扩增子
分析时间 5小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） 7小时
多重分析 96个双标签序列组合 96个双标签序列组合 96个双标签序列组合 1-24重
手动操作时间 < 1.5小时 < 1.5小时 <1.5小时 3.5小时
扩增子数 共207个。1个混合池。 共553个。2个混合池。（DNA池：269个扩增子。 RNA池：284个扩增子。） 总共4，648个混合池（DNA混合池1：1，891个扩增子。 DNA池2：1，890个扩增子。 RNA池1：447个扩增子。 RNA池2：420个扩增子。）
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 DNA DNA, RNA DNA, RNA DNA
物种 人 人 人 人
系统 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode MiSeq Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System
说明 针对50个癌症相关基因的热点区域的体细胞分析研究。 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。 与实体瘤癌症相关的基因*热点和全长靶点的体细胞分析研究。

使用20 ng DNA对实体瘤中的15个常见突变基因进行NGS检测。 
起始量 1–100 ng（建议每个混池10 ng） 1–100 ng（建议每个混池10 ng） 1–100 ng（建议每个混池10 ng）

20 ng FFPE DNA 

Panel (1)

AmpliSeq™ Cancer HotSpot Panel v2 for Illumina®

20019161

用于在50个癌症相关基因的热点区域中检测体细胞突变的靶向panel。试剂盒可进行24次反应。Library PLUS和标签接头均为单独出售。

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文库制备 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

包含用于制备24个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

包含用于制备96个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

包含用于制备384个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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标签接头 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

包含足以标记24个样本的24个标签。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

包含96、8 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

包含四组AmpliSeq CD Indexes for Illumina、Set A、Set B、Set C和Set D。每组包含96、8 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和探针panel。

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配套产品 (3)

AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel

20019162

与AmpliSeq Library PLUS for Illumina搭配使用时，包含8个单核苷酸多态性（SNP）靶向引物对和1个性别区分引物对，足以进行96次反应。实现快速准确的样本鉴定。单独购买文库制备、探针panel和标签接头。

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

包括24次反应，用于使用AmpliSeq for Illumina实验方案从未染色的玻片固定FFPE组织中制备DNA，无需脱蜡或DNA纯化。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

在制备用于测序的AmpliSeq for Illumina文库时，包含用于文库归一化的磁珠和试剂。

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iSeq 100试剂

iSeq 100系统的试剂采用即用型卡盒以及单通道SBS化学和CMOS技术，可实现简单、低成本的测序。

参考文献

  1. Kingsmore S. Catalogue of Somatic Mutations in Cancer – Home Page. http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic. Accessed October 25, 2017.

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