Infinium Mouse Methylation BeadChip

在整个甲基化组中具有超过285,000个标记,用于对多种小鼠品系进行高分辨率表观遗传学分析。

每周>1000个样本(8个样本BeadChip的每个Tecan)

样本通量

每个芯片12个样本

样本数量

固定标记:>28.5万

标志物数量

详情请参见规格表

概述

Infinium Mouse Methylation BeadChip Kit将全面、专家精选的覆盖度和高通量的样本集于一体。

  • 支持全基因组DNA甲基化研究 

  • 可对研究实验室中使用的几乎所有小鼠品系进行表观遗传学分析

  • 以单核苷酸分辨率检测每个样本>285K个甲基化位点

  • 使用强大的Infinium HD Assay提供无PCR实验方案,用于表观遗传学研究

全面覆盖基因区域

Infinium Mouse Methylation BeadChip可均衡覆盖CpG岛、翻译起始位点、增强子、印迹位点和其他区域。Infinium HD化学技术能够进行内容选择,不受通常与甲基化DNA捕获方法相关的偏差限制的影响。

高检测重现性

Infinium Mouse Methylation BeadChip在技术重复方面的重现性>98%,与全基因组亚硫酸氢盐测序数据高度相关。

广泛的应用范围

支持全表观基因组关联研究、异种移植实验、临床前研究等。 


性能参数


所需产品

选择Infinium Mouse Methylation BeadChip试剂盒配置,提供适合您需求的样本通量。

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应用

Infinium Mouse Methylation BeadChip支持广泛的小鼠表观遗传学分析研究,包括表观基因组关联研究、临床前研究、异种移植研究等。

工作流程示例

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选择内容

Infinium Mouse Methylation BeadChip

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处理和扫描
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分析和报告

相关应用和方法


特色应用说明

broad coverage using infinium

使用Infinium I和Infinium II检测设计实现广泛的覆盖度

该芯片同时使用Infinium I和Infinium II检测。Infinium I检测设计每个CpG位点采用两种微珠类型,甲基化和非甲基化状态各1种。Infinium II设计采用1种微珠类型,在杂交后的单碱基延伸步骤中确定甲基化状态。

data analysis with GenomeStudio

使用Illumina GenomeStudio软件进行集成数据分析

GenomeStudio软件支持在任何平台上进行DNA甲基化分析。数据以直观的图形显示,例如热图。

比较

Infinium Mouse Methylation BeadChip Infinium MethylationEPIC v2.0 Kit
Assay type Infinium HD Methylation Infinium HD Methylation
Automation capability Automated Array Loader Automated Array Loader
Method Methylation Array Methylation Array
Specialized sample types FFPE Tissue, Blood, Saliva FFPE Tissue, Cell-Free DNA, Blood, Saliva
Variant class Differentially methylated cytosines Differentially methylated cytosines
技术 Illumina芯片 Illumina芯片
标志物数量 固定标记:>28.5万

>  935K

样本数量 每个芯片12个样本 每个芯片8个样本
样本类型详情

可用于新鲜/冷冻组织。分析包括DAC在内的外源化学物质诱导的DNA甲基化变化。

还与口腔细胞和新鲜/冷冻组织兼容

样本通量

每周>1000个样本(8个样本BeadChip的每个Tecan)

每周>1000个样本(8个样本BeadChip的每个Tecan)

核酸类型 DNA DNA
物种 小鼠
系统 iScan NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 550Dx in Research Mode, iScan
起始量 DNA>250 ng 250 ng DNA

选择工具:

相关资源

缩略图

Infinium Mouse Methylation BeadChip的十大注意事项

Wanding Zhou博士为小鼠研究人员简要介绍了这一强大的工具。

Infinium Mouse Methylation BeadChip Kit (24 samples)

20041558

包含两个12个样本的BeadChip芯片和用于扩增、片段化、杂交、标记和检测24个DNA样本的试剂。起始量需要≥250 ng DNA。每个试剂盒按一批处理。

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Infinium Mouse Methylation BeadChip Kit (48 samples)

20041559

包含4个12样本BeadChip芯片和用于扩增、片段化、杂交、标记和检测48个DNA样本的试剂。起始量需要≥250 ng DNA。每个试剂盒按单批次处理。

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Infinium Mouse Methylation BeadChip Kit (96 samples)

20041560

包含8个12样本的BeadChip芯片和用于扩增、片段化、杂交、标记和检测96个DNA样本的试剂。起始量需要≥250 ng DNA。每个试剂盒按一批处理。

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常见问题解答

使用标准的Infinium甲基化方案,GenomeStudio Methylation Module软件应检测芯片上≥96%的位点,假设每个样本的起始量至少为250 ng的高质量完整基因组DNA。

GenomeStudio Methylation Module可提取β值,并为Infinium Mouse Methylation BeadChip数据提供簇生成。目前不支持使用Mouse Methylation BeadChip进行GenomeStudio质控品均一化。此外,目前不支持BeadArray Controls Reporter软件工具。

Bioconductor中有许多免费软件应用程序,例如SeSAMe,它们提供了增强的归一化和可视化选项。Illumina不直接为这些免费软件解决方案提供支持。

BeadChip包含SNP,因此研究人员可以生成其样本的DNA指纹,作为额外的质量控制水平。具体而言,对于Mouse Methylation BeadChip芯片,包含SNP探针,有助于鉴定所分析DNA的菌株来源。请参阅Infinium HD Methylation Assay参考指南,了解更多信息。BeadChip上的SNP检测未在检测指南中提及,仅在GenomeStudio Methylation Module中简要描述。

因美纳尚未对芯片进行5-hMc验证。然而,文献使用了Infinium HumanMethylation450K和MethylationEPIC BeadChips进行5-hMc分析,该实验方案可能会在Infinium Mouse Methylation BeadChip上运行。

有关详细信息,请参阅Nazor KL、Boland MJ、Bibikova M等人。基于芯片的低成本技术——TAB芯片——在人类多能干细胞中以单碱基分辨率对5mC和5hmC进行定量和定位。Genomics. 2014;104(5):358-367. doi: 10.1016/j.ygeno.2014.08.014

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