只需对标准的单读DNA文库制备做简单的修改，就能够促进一次末端配对读取过程中每个簇的正向和反向模板链的读取。除了测序信息，两个读取都包含长距离的位置信息，允许读数之间的高度精确比对。

末端配对测序分析利用了 cBot (或 Cluster Station) 和 末端配对 模块的组合之后在Genome Analyzer_IIx上开展末端配对测序。

独特的末端配对测序方案允许终端用户选择插入片段的长度（200-500 bp），并对插入片段的任一端进行测序，生成高质量、可比对的序列数据。一次典型的末端配对运行可实现2×75 bp的读数和多达2亿个读取。

末端配对测序的优势

• 简单的末端配对文库: 简单的流程能够产生特有的一系列插入片段大小
• 高效的DNA应用: 与单读测序的DNA需求量相同，100 ng – 1 μg gDNA或cDNA
• 广泛的应用:不需要DNA甲基化或限制性内切酶消化；能用于亚硫酸氢盐测序
• 简化的数据分析:短插入片段文库的高质量序列拼接