经过设计，Illumina基因表达阵列（从样品标记方法到分析软件）与整个基因表达群落中广泛使用的标准试剂、技术和工具相兼容。

Illumina基因表达方案的特征是在于第一和第二链的逆转录步骤，之后是整合生物素标记核苷的单次体外转录（IVT）扩增。后续步骤包括阵列杂交、清洗、阻断，以及链霉亲和素-Cy3染色。

直接杂交法分析是运行在 iScan system 或 BeadArray Reader.

对Cy3发出的荧光进行定量检测并用于下游分析。 GenomeStudio 软件可生成市场上大部分表达——－分析软件程序都能方便处理的标准文件格式。

探针设计
在筛选前，需对候选探针序列进行广泛的生物信息筛选。根据阵列产品的不同（聚焦基因组或全基因组），我们为每一基因分配一条或两条探针。将50-mer基因特异性探针序列与固定在成百上千条相同序列探针微珠上的揳ddress?序列级联。