Sequencing - 200G to >20g
HiSeq 2500
Genome Analyzer IIx
MiSeq
Sequencing + Arrays
HiScanSQ
Arrays - Low- to High-Plex
HiScan
iScan
BeadXpress
Real-Time PCR System
Eco Real-Time
利用可定制的Genome Analyzer系统数据分析工作流引擎，迅速从图像捕获来到互动分析。Sequencing Control软件 (SCS)、Genome Analysis Pipeline，及Consensus Assessment of Sequence and Variation (CASAVA)软件程序将原始的图像数据转换成强度分数、碱基检出、质量打分比对及其它形式，用于下游分析，迅速将数据转变成生物相关的信息。
开放的源代码及灵活的软件架构让您能定制Genome Analyzer工作流引擎，以满足特定分析的需要。
Genome Analyzer
Important Information
Sequencing Control 软件
提供测序运行的实时追踪；实时处理图像，减少昂贵的数据存储的需要；产生强度值和碱基检出。
Sequencing Control软件（SCS）开展图像分析和碱基检出，让您监控测序运行的进展，优化运行条件，并实时评估运行期间的质量统计数据，加速获得结果。全新的综合聚焦协助特征改善了仪器的易用性和可靠性。SCS在仪器电脑上运行，避免了通过网络传输图像的需要，同时大大简化了Genome Analyzer的数据管理。
| SCS 的优势 | |
|---|---|
| 灵活的仪器控制 | 从多个菜单中轻松选择，适合各种测序应用 |
| 兼容的设计 | 将强度或碱基检出和质量统计数据轻松导入Genome Analyzer Pipeline软件 |
| 灵活的数据移动和存档 | 将原始的序列数据缩减成紧凑的碱基和质量形式 |
| 高效快速的结果 | 让后续分析步骤所花的时间最小化；碱基检出同时进行，在测序运行的几小时内完成 |
| 实时的反馈 | 在测序运行中监控运行的表现 |
Pipeline 软件
开展碱基检出和读取比对.
Genome Analyzer Pipeline软件是可定制的分析引擎，将您从Sequencing Control Software (SCS) 的输出带到质量打分的比对。Pipeline软件是与世界上多个领先的测序中心合作开发，它可扩展到满足世界上最庞大机构的需要。
此软件在许多Linux操作系统上运行，是个开放源代码的程序，这样它就能完全定制。对于需要即用型系统的客户，可以选择Pipeline Analysis服务器。
Pipeline的数据可轻松导入 CASAVA 及 GenomeStudio 软件, 让您探索来自多个遗传分析应用的数据，获得一幅基因组的完整图像。
| Pipeline软件的优势 | |
|---|---|
| 完整 | 让所使用的簇数量最大化，以产生带有自动图像校准的序列数据 |
| 可靠 | 利用准确的簇强度打分算法，过滤得到高质量的读取 |
| 准确 | 用质量校准的碱基检出让下游测序错误的传播最小化 |
| 可定制 | 用高度优化的基因组比对工具，减少了复杂的计算机架构的需要 |
| 灵活 | 用智能对读逻辑鉴定结构变异体和测序重复区域 |
| Pipeline系统需求 | |
|---|---|
| 操作系统 | Linux |
| 处理器 | 至少2个；8个节点最佳 |
| 存储容量 | > 2 TB |
CASAVA
从一个或多个测序运行所产生的数据中创建基因组结构，检出SNP，检测插入缺失，并计算读取。
Illumina的Consensus Assessment of Sequence and Variation (CASAVA)软件为重测序和计算研究捕获简要信息，将数据置于紧凑的结构中，用于GenomeStudio软件或 公共分析工具的可视化。在众多测序应用中，CASAVA能从一个或多个Genome Analyzer运行所产生的数据中创建基因组结构，检出SNP，检测插入缺失，并计算读取。在二级分析技术指南中发现更多。
| CASAVA 的优势 | |
|---|---|
| 集合 | 从多次重测序运行或计算实验中浓缩真实的结果 |
| 一致检出 | 在发现支持证据的基因组中产生每个位置的碱基检出 |
| 多态性检测 | 产生SNP报告，用于关联研究以及与芯片实验的相关性 |
| 插入缺失检测 | 从对读数据中鉴定长达100bp的插入/缺失 |
| 计算统计数据 | 产生对应基因、外显子和剪接点的读取的计算列表 |
| CASAVA系统需求 | |
|---|---|
| 操作系统 | Linux |
| 处理器 | 四核处理器（推荐） |
| 内存需求 |
2GB /核 |
第三方数据分析工具
新一代测序技术的发展不断需要研究人员、思想领袖及行业中的合作。Illumina鼓励信息与想法的公开交换，我们承诺快速提交解决方案，让您的科学成功达到最大。
在下面，您能找到Illumina测序客户所开发的工具，您可以使用它们来分析Genome Analyzer的数据。这些应用软件*是为多个测序应用而开发的，如重测序、ChIP-Seq和数字表达谱。我们的客户允许您免费使用这些工具。
基因组比对浏览器
- Gbrowse - Genomic Browsing, Generic Model Organism Database Project
http://www.gmod.org/wiki/index.php/Gbrowse - UCSC Browser - Genome browsing and comprehensive annotation, Generic Model Organism Database Project
http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/customTrack.html - Staden Tools (GAP4, TGAP) - Alignment and Visualization for Small Data Sets, James Bonifield (initially developed by Rodger Staden), Wellcome Trust Sanger Institute
http://sourceforge.net/projects/staden/
比对和多态性检测
- BFAST – Blat-like Fast Accurate Search Tool, Nils Homer, Stanley F. Nelson and Barry Merriman, University of California, Los Angeles
http://genome.ucla.edu/bfast - MAQ – Mapping and Assembly with Quality, Heng Li, Sanger Centre
http://maq.sourceforge.net/maq-man.shtml - Bowtie - An ultrafast memory-efficient short read aligner, Ben Langmead and Cole Trapnell, Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland
http://bowtie-bio.sourceforge.net/
基因组组装
- Velvet – De novo assembly of short reads, Daniel Zerbino and Ewan Birney, EMBL-EBI
http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/ - SSAKE – Assembly of short reads, Rene Warren, et al, British Columbia Cancer Agency
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/full/23/4/500 - Euler – Genomic Assembly, Pavel Pevzner and Mark Chaisson, University of California, San Diego
http://nbcr.sdsc.edu/euler/
ChIP 测序
- ChIP-Seq Peak Finder, Barbara Wold, Cal Tech and Rick Meyers, Stanford University
http://woldlab.caltech.edu/html/software/
数字表达谱
- Comparative Count Display, Alex Lash, NIH
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/sage/obsolete/bin/ccd/ - SAGE DGED Tool, Cancer Genome Anatomy Project
http://cgap.nci.nih.gov/SAGE/SDGED_Wizard?METHOD=SS10,LS10&ORG=Hs
* Illumina 无法保证从上述网站获得数据的准确性。我们对第三方软件工具不提供支持。
