Illumina
Illumina Genome Network

Genome Network

Illumina的Genome Network将有兴趣开展大型人类全基因组测序项目的研究人员与全世界领先的研究所联系起来，这些研究所为实现Illumina测序提供了相当经济且快速的周转。由CSPro™认证的机构组成，Illumina的Genome Network能让研究人员快速且自信地完成基因组测序项目，这些CSPro认证的机构在生成高质量、经济的人类基因组数据方面有着丰富的经验。最高质量的数据以及快速的周转时间：这就是Illumina Genome Network的承诺。

 

将您的研究委托给测序领域一些最受认可的人，他们都依靠值得信赖且久经考验的Illumina技术平台。借助他们的专业技能来快速进入综合的全基因组拼接，包括：

  • 单核苷酸多态性（SNP）和插入缺失（Indel）的高质量变异检出
  • 鉴定拷贝数变异（CNV）及其他结构重排的能力
  • 访问全面的内部及第三方分析工具，这些工具旨在支持行业内使用最广的系统
  • 随着时间的推移重新分析数据组的能力

您可以选择您的Illumina Genome Network伙伴，并根据您的个别研究需求创建服务包。灵活的周转时间和多种增值服务能满足每个研究的独特需求。这是一个在Illumina测序技术平台上启动您的测序研究的快捷可靠办法。

如需了解更多信息或立即开始，请填写表格。


IGN数据表

Genome Network的伙伴

Macrogen

Macrogen/Genomic Medicine Institute/Seoul National University
Rm 1002, 10th floor
World Merdian Venture Center
60-24, Gasan-dong, Geumchen-gu
Seoul, 153-781, South Korea

Phone: +82.2.2113.7000
Fax: +82.2.2113.7016
Email: chipinfo@macrogen.com
Web: www.macrogen.co.kr/kor/biochip/biochip_main.jsp

Genomic Medicine Institute（GMI）成立于1997年，其使命是提供亚洲的全基因组序列，并支持基因组技术的开发，为未来的个性化医疗打基础，并作为韩国卓越的基因组研究所发挥作用。

NCGR (National Center for Genome Resources)

NCGR (National Center for Genome Resources)
2935 Rodeo Park Drive East
Santa Fe, New Mexico 87505

Contact: Dr. Ryan Kim, Genome Center Director
Phone: 1.505.995.4419
Fax: 1.505.995.4432
Email: seq@ncgr.org
Web: www.ncgr.org

NCGR是一个非营利的研究所，在Illumina DNA序列数据生成和分析上有着丰富的经验，在合作环境下提供测序、基因分型和分析服务。它提供的服务包括全基因组（包括de novo）、转录组、甲基化组、ChIP、smRNA和外显子组（定向或整个）。目前有实验设计协助，定制数据分析，de novo拼接、比对和变异检测的观察工具。对于Illumina的基因分型服务，您也可以联系我们。

服务详情

当您将您的项目发给一个Genome Network伙伴，您将收到人类全基因组测序，它们来自短插入片段末端配对读取，是利用单个文库以30倍平均覆盖度开展的。利用CASAVA开展数据分析（来自ELAND比对的共有序列，检出的SNP和小的插入缺失）。带来的数据组将包括读取和质量分值，供下游分析使用。

对于每个样品，下列参数是保证的：

  • 30倍的常染色体平均覆盖度
  • 非癌症样品中非N参考覆盖的比例超过94%
  • 非癌症样品至少检测到3,000,000个SNP
  • 非癌症样品的基因型一致性超过99%

数据将以标准形式交付，以便下游在Genome Studio或第三方开源工具中观察，如下：

  • 处理过的数据（比对和分类的读取），以BAM形式
  • 原始数据（读取和质量分值），以标准形式
  • 鉴定出的SNP和indel（插入/缺失）列表，以文本形式
  • 基因型报告

通过指定的Genome Network供应商，还可提供优质的数据分析包。请直接将问题发给您的GN伙伴。

数据将指出哪些基因组满足及未满足下列标准：

  • 杂合位点比例在1.3-1.9之间
  • 与dbSNP129/130相比，新SNP数量超过300,000
  • 转换:颠换比值在1.95-2.05之间（M. Nei，《分子演化遗传学》，第28页）
  • 杂合位点相对NCBI长度的比例在 0.6x10-3 – 0.8x10-3之间

这些标准是根据在超过三个地方运行的~40个基因组的测序结果的两级统计以及文献的预期结果来制定的。未达到上述标准的基因组被认为是无效的，可重测序，或由实验室主管彻底调查、解释并批准这些偏差。

对Genome Network服务感兴趣？

  1. 填写网页表格，将您的项目提交给Genome Network（GN）
  2. Illumina为您提供报价（根据您提交的项目规格，包括能提供此服务的GN伙伴列表）
  3. 您确认接受转包条款，并对精选的GN伙伴进行排名，包括Illumina的FastTrack服务
  4. 根据您的排名顺序，Illumina接洽GN伙伴
  5. GN伙伴接受您的项目
  6. 您将样品发送至GN伙伴，以便启动项目
  7. GN伙伴通过电子邮件通知Illumina：数据已交付给您，以便结束项目
  8. 您收到Illumina的发票