您是否对2007年10月发表在《Nature Methods》那篇文章中所提到的定向重测序方法做过改进?

是的，我们在捕获目的基因组（也就是人基因组中的50,000个外显子）上的效率已经比文献发表时提高了10,00多倍。在《Nature Methods》发表文章那时，我们只能捕获约20%，大约10,000个外显子。这明显是捕获步骤所带来的效率问题。通过半年的努力和无数次运行，我们提高了外显子捕获效率，现在我们能捕获同样50,000个外显子中超过90%的靶点。

这种显著的效率提高源自非常快速的周转时间，我们与Jin Billy Li博士、哈佛Church博士实验室的Kun Zhang博士以及UCSD的Zhang博士实验室共同努力，评估并优化了捕获步骤。Genome Analyzer的易用性、快速流程和数据质量实现了如此快速的结果。我们能够在几个条件下制备样品，运行，并在最少时间内得到反馈。Genome Analyzer流程的速度和简便协助我们大大缩短了优化周期，并更快达到我们的目标。

您能介绍一下您的实验室，以及现在利用Genome Analyzer所做的研究类型吗?

我的实验室非常小。只有我、一个助理和一个学生。有了Genome Analyzer，我们就有了非常强大的工具。如果我们想出一些借助这种测序技术的实验，我们能够相当轻松快速地试验。我们能够进行许多探索性的工作，并开展大范围的实验。除了定向重测序工作，我还参与了E. coli和Geobacter的全基因组比较研究。我的合作者，Palsson博士实验室和Lovley博士实验室正在进化E. coli和Geobacter来使用不同的能量来源或不同的电子受体，并需要找到决定性的突变。到目前为止，我们已经对20多个菌株进行了测序，能够鉴定出2006年发表在《Nature Genetics》上的一篇研究中所报道的每一个突变，那篇研究用的是tiling array和质谱。另外，我们还发现了他们错过的假阴性。

Tiling array有着很高的假阳性率，即使用质谱筛选，仍有很多假阳性，因此个别验证它们是非常耗时的。我们基本上不含有假阳性，因为我们的覆盖度非常高，一致准确性也很高。我们甚至在这个过程中鉴定出参考基因组的一些错误。我们正在准备一篇文章，来比较tiling array和Illumina的测序平台。