Illumina
Laurent Farinelli, Ph.D.
"Genome Analyzer让我们的顾客能完成过去无法实现,只能梦想完成的实验,但是现在却能以合理的价格来完成. "

Laurent Farinelli, Ph.D.
Co-founder and CEO, Fasteris

Fasteris是最早几家商业化的服务提供商之一,它利用Illumina Genome Analyzer提供测序服务,包括ChIP-Seq、大规模基因组测序和重测序,数字表达谱、microRNA图谱分析和发现,以及甲基化图谱分析。


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访问Laurent Farinelli博士

Genome Analyzer如何改变您的业务?

它完全改变了我们的业务。Genome Analyzer让我们的顾客能完成过去无法实现,只能梦想完成的实验,但是现在却能以合理的价格来完成。例如,有了毛细管DNA测序服务,我们为客户提供了每个样品一个基因的序列。有了Illumina Genome Analyzer,我们为他们提供了每个样品一个基因组的序列。在Genome Analyzer安装之前,我们的大部分顾客都在欧洲,现在我们的顾客遍布全球。

 

您对于客户的Genome Analyzer应用有多大兴趣?

我们的第一个伙伴对重测序或新物种测序细菌感兴趣。我们开展microRNA发现、酵母基因组、植物全转录组(无参考序列)、数字基因表达谱和ChIP-Seq等项目。我们正等待样品来重测序几百MB的大基因组区域,并重测序大量个体中的多个基因。

 

Genome Analyzer在您的实验室中表现如何?

我们对系统的易用性印象深刻。自1996年以来我们一直在做大规模DNA并行测序,能够将这项技术应用到新颖的领域让人激动。我们决定从基因组DNA制备开始,在我们第一次尝试的时候它就表现得非常好。我们的下一个应用需要改编接头,以引入条形码碱基,这就让我们在一个通道中分析多个样品。我们随后改编了Illumina的数字表达谱步骤,以适应我们的需求。在我们收到第一个基因表达试剂盒后,三天内我们制备了cDNA样品(我们第一次使用此步骤时它就起作用了),可以开始簇生成了。

又过了四天(运行和软件处理数据的时间),我们将数字表达谱发送给顾客。对于其它应用如全转录组鸟枪法或ChIP-Seq,我们只不过是用了基因组DNA样品的步骤。一旦DNA簇模板制备好,对于所有类型的样品,Genome Analyzer都是相同的。我们总是对数据的数量和质量印象深刻。

 

您能谈谈Genome Analyzer的第一次运行吗?

我们与日内瓦大学(University of Geneva)Jacques Schrenzel教授的小组合作,对一些细菌基因组进行测序。我们对第一个细菌基因组测序的读数是在Fasteris初次运行所获得的,以验证Illumina Genome Analyzer的安装。为了分析无参考序列的基因组,David Hernandez博士开发出全新的新物种组装软件。该软件是在Staphylococcus aureus菌株上首次验证,因为它的全基因组序列是已知的。没有使用对读,我们证明了Genome Analyzer的单通道所产生的两百万个读数让我们能在个人电脑上组装96%的基因组和质粒,时间只要几分钟。未组装的剩余读数是来自16S rDNA等重复区域。我们在其它Staphylococcus菌株上重复了这个方法,获得了相似的结果。

Researcher Bio

Dr. Laurent Farinelli is the co-founder and CEO of Fasteris. Based in Geneva, Switzerland, Fasteris is one of the first commercial service providers to offer sequencing services using the Illumina Genome Analyzer, including ChIP-Seq, Digital Gene Expression, microRNA profiling and discovery, methylation profiling, and large-scale genome sequencing and resequencing.