Genome Analyzer如何融入您的研究?

实验室的目的是了解引起表型变异的遗传和表观遗传改变。我们的兴趣主要是在植物上，特别是拟南芥，尽管我们也研究人类细胞。我们实验室完全是发现驱动型，而不是假说驱动型。我们的理解是：如果我们在全基因组水平使用这项技术，我们肯定会发现一些有趣的东西。这是我们研究中的唯一假说，这种方法也从来没让我们失望过。例如，我们知道我们不了解基因组中的所有转录本。现在我们转向序列水平，我们一开始就打算这样做，但是那时这种规模的实验对我们来说太贵了。

因此，也是必然，我们使用了本身分辨率较低的芯片方法。最终，我们了解基因结构、了解甲基化、了解DNA序列变异所需要的分辨率水平是序列。我们正与美国和世界各地的同事在构想一个计划，对超过1001个拟南芥菌株进行测序。当（计划）完成后，这个序列数据将以前所未有的分辨率水平实现全基因组关联分析。我们对这个计划非常兴奋，如果没有Genome Analyzer，那是无法想象的。

您能谈谈利用Genome Analyzer所进行的甲基化研究吗?

我们在3月开始甲基化组的测序。大约花了5个月的时间，我们现在已经接近尾声了。这在一年前是难以置信的。你需要40-50倍的覆盖范围，因为你在研究一群细胞。如果你研究50条染色体，它们可能甲基化，或者在某个位点甲基化，那么如果你想要定量特定位点的甲基化程度，你必须深度测序。于是问题不仅仅是这个特定的胞嘧啶是否甲基化，而是甲基化了20%、40%还是80%。如果我们用Sanger测序来达到50倍的覆盖，那相当于以2倍覆盖度对人的全基因测序。